這一年五月間，已經降清的孔有德、耿仲明、尚可喜，率領了幾萬軍隊，開到桂林城下。瞿式耜上了城墻，與焦璉各守一半，用“西洋炮”先打一陣。然后，他叫焦璉帶三百人出城，用長槊、鐵鞭對付這三個老賊。結果，也殺了他們幾千人，追了他們二十里。
到七月間，凡是被清軍占領的廣西各城各縣，均被焦璉收復。
孔有德等人去攻武岡，找永明王出氣。那沒有出息的永明王，卻又不戰而走。一走，到靖州；再走，到柳州；三走，到象州。孔有德轉師去攻全州，焦璉已經在全州等候。何騰蛟率領郝永忠、盧鼎等人，也到了全州。結果，孔有德又吃一個敗仗。孔有德賊心不死，竟然于次年(順治五年，1648年)三月再度攻打桂林。于是，何騰蛟與焦璉又和他在桂林比武一次。此時桂林的兵力，已經相當雄厚，猛將也增加了不少，其中最有名的是善耍標槍的胡一青。這一場惡戰，把孔有德的兵殺得尸橫遍野，血流成河。
瞿式耜這時候仍舊在桂林城內，以文淵閣大學士、兵部尚書的名義坐鎮。他把指揮作戰的任務交給何騰蛟。事后，永明王聽說瞿式耜沒有戰死，喜歡得流下淚來。一個月以后，李成棟忽然在廣州反正，從新做人。
傳說李成櫟之所以反正，是因為多爾袞不曾給他“總督”的位置，只給了他一個“提督”。其實，這不過是他反正的原因之一。
也有人說，他的太太深明民族大義，常常勸他改弦易轍。這一位李夫人確是功在國家。然而，真正堅定了他反正決心的，卻是瞿式耜、焦璉、何騰蛟等人的三次死守桂林，令他感覺到明朝尚有希望。
恰好，另一降清之將金聲桓于順治五年正月，已在南昌反正。李成棟便不再猶疑，在閏三月響應。(金聲桓之所以反正，是受了一個在揚州不曾被殺死的“德宗和尚”的鼓勵。)
于是，廣東和江西兩省又變成了大明的江山。不久，四川義兵蜂起，全省入于永明王的范圍。何騰蛟借此機會，恢復整個湖南。鄭成功在福建打下了詔安。到了年底，姜壤又在大同反正，把山西省的大部分占了。甘肅與寧夏的回民，也在明朝宗室延長王朱識瑏等人的領導之下，紛紛起義。
這是多爾袞在順治元年偷占北京以來，所從未遭遇到的挫折。他趕緊調動滿洲八旗的子弟兵，由譚泰、何洛會兩個他所最親信的滿洲人，率領著去江西打金聲桓；自己“御駕親征”，去大同打姜壤。
打到順治六年(1649年)的正月，譚泰與何洛會攻下南昌，金聲桓跳水自盡。一個月后，李成棟在江西南部的信豐戰敗陣亡。
李成棟的兒子李建捷仍舊守著廣州，到了順治七年(1650年)二月才被尚可喜打敗。另一個兒子李元胤守住肇慶，一直守到順治八年(1651年)的春天。
何騰蛟在湖南，管不住李自成舊部。他們鬧餉，搶劫老百姓，弄得每一城的老百姓見了他們來，便空城而走。他們也不耐煩留在任何空城中久住。順治六年正月，何騰蚊移節湘潭，湘潭沒有兵，也沒有民。結果，他成了清軍的俘虜，于絕食七天以后被殺。
瞿式耜的命運，與何騰蛟的相同。順治六年十一月，孔有德第三次來攻桂林之時，焦璉不在桂林，去了潯州(桂平)。桂林城內的守將是趙印選、胡一青、楊國棟、蒲纓、馬養麟。這些人不能合作，一哄而散。剩下的只有王永祚，這王永祚卻開城迎降。瞿式耜寧死不逃，靜候清兵來把他帶走，于閏十一月十七日從容就義。
多爾袞自己打姜瓖，打了很久打不下來。最后，還是派博洛去，才把姜瓖解決。
《細說清朝》三一、自稱皇父
多爾袞在順治七年(1650年)十二月初九日咯血而死。十六天以后，順治皇帝的朝廷追尊他為成宗義皇帝。
他在死的時候，自稱“皇父攝政王”已有兩年。他以“皇父”的身份，而被追尊為皇帝，原無足怪。
這就牽涉到：他有沒有在皇太極死后，與皇太極的寡婦、順治皇帝的母親孝莊文皇后正式結婚?有關的官方材料，早已被乾隆一代的君臣銷毀干凈。今天我們所能依據的蛛絲馬跡，僅有張煌言的四句宮詞：“上壽稱為合巹樽，慈寧宮里爛盈門，春官昨進新儀注，大禮恭逢太后婚。”張煌言雖是清朝的敵人，但為人正派，非一般捕風捉影、惡意中傷的造謠專家可比。
值得指出的是，皇太后當時并非雞皮鶴發的老嫗，而是三十一歲的少婦，比多爾袞還小一歲。
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