俄方先后在順治十三年與十五年，兩度派遭使臣到北京，但均以國書的措詞“矜夸不遜”，見不到順治皇帝，無結果而回。康熙作事，一向腳踏實地。他在用兵以前，先派一個叫做郎坦的正白旗副都統，帶兵去前方偽裝獵人，打聽敵方的虛實與路程遠近。
郎坦去后，回來報告：從愛琿城到敵人的雅克薩城，舟行逆流而上需時三月，陸行只消一個半月，但是運糧食與兵器，仍不可沒有船。他說：我們現今已有了四十艘大船、廿六艘小船，所差的也只是五十艘小船而已。
郎坦又說：敵人的厲害，第一是有雅克薩的木城作為憑藉，第二是有槍有炮。我們如果能有新式紅夷大炮二十尊、精兵三千，恒不難把雅克薩拿下。
康熙的見解比郎坦更高一籌。他認為攻敵雖易，但不如先造兩個木城于愛琿及呼瑪爾兩地，儲備足支三年的糧食一萬二千石。這糧食可以向科爾沁十旗的蒙古人征取，不足之數則從錫伯烏拉的官屯調發。牛羊呢，向索倫族的“土人”要。兩個木城之間，以及通往索倫的五站大路，可設驛站。兵員，應該調寧古塔的兵去兩個木城，勤加操練。火器，盡量從北京輸運去。到了康熙二十四年(1685年)，一切準備均已就緒。陰歷五月二十一日，清軍在薩布素、朋春二人的統率之下，進抵雅克薩的近郊。清軍的實力是：水陸兵一萬八千人、野戰炮一百五十門、攻城炮四十門。
城中的俄力守將土勒波辛從二十三日抵抗到二十四日，死傷一百人左右，在二十五日投降。清軍準他率領全體愿走的俄人撤退，去尼布楚。不愿走的俄人，被編入滿洲八旗。
清軍把雅克薩燒了，回軍至愛琿與墨爾根城。
俄方探聽到清軍已走，在陰歷七月間又來，把雅克薩城的廢墟占領，在廢墟之上造起寬二丈八尺、高二丈的土城，而且從尼布楚運來大炮八門、兵丁八百七十名，仍以土勒渡辛為守城之將。其后又添了臼炮一門、炸彈五百個、兵丁六十六名。
清軍于次年四月十六日再度來攻，戰了很久，城內的俄軍僅剩下一百一十五人，仍在抵抗。此后，兩軍長期相持，直到九月間康熙接受俄方的請和、宣布停戰為止。
主動求和的不是清方，而是俄方。俄國的沙皇大彼得，派了兩個使臣，在康熙二十五年九月到達北京，向康熙皇帝說明愿和。康熙派人到雅克薩，命令清軍停戰。
又過了三年，雙方的全權代表于康熙二十八年(1689年)七月在尼布楚城會面。清方的代表是領侍衛內大臣索額圖，帶了一萬名左右的兵丁與隨從作為后盾。俄方的代表是陸軍大將果魯囫，所帶的兵僅一千五百人。
大彼得曾經密令果魯囫：“雅克薩不妨讓給中國，但通商的權利不可放棄。”
同時，康熙也密令索額圖：“尼布楚于必要時可以讓給俄國，但中、俄兩國必須至少以額爾古納河為界，黑龍江的大小支流均應屬于中國。”
七月七日，雙方舉行第一次會議于尼布楚城與什耳喀河之間的空地，以帳篷為會所。
俄方代表首先發言，要求以黑龍江為兩國國界。清方代表答復，黑龍江一帶，以至于西邊的色楞格河左岸之地，一向是清國土地，居民年年朝貢，俄方應該把色楞格斯卡城尼布楚、雅克薩城及其全部屬地，完全歸還清國。
第二天，舉行第二次會議。果魯囫說：清方有什么證據，說明尼布楚以東的地方是清國的領土?倘若拿不出證據來，“任意出言”，沒有什么意思。索額圖說：俄方定要色楞格斯卡與尼布楚，未嘗不可相讓，但通商貿易則可，駐兵則不可。果魯囫說：兩國應該以黑龍江為界。索額圖大怒，退出了會議帳篷。
過了四天，索額圖召集全體軍官舉行軍事會議，決定用武力解決。第二天，他率軍渡過什耳喀河，在尼布楚附近布陣。
果魯囫一邊加緊在城的四周設防，一邊委托替清方擔任翻譯官的西洋傳教士徐日升與張誠二人向清方疏通，愿意接受清方的條件，請清方不要動武。
結果是，雙方在七月二十一日(9月7日)正式締約。條約一共是九條，其主要的內容是：兩國以額爾古納河、格爾必齊河、綽爾納河與外興安嶺為界。
雅克薩城拆毀，城內的俄國軍民遷回俄國。
住于兩國境內的人民，除了雅克薩的以外，一概準許居留，不必遣回本國。今后，持有“往來支票”(護照)的人，“貿易不禁”。至于越境打獵、搶掠、殺人的，一概捉拿，由當地的官吏嚴辦。
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