美國領事根據領事裁判權，要求清方將他交出。清方說，他在被押解由漳州北上之時中途落水而死。(傳說，是清軍把他推到河里淹死的。)
常勝軍的司令一職，戈登在1863年3月底正式接任。
戈登與華爾、白齊文不同：他不是冒險家，而是正規軍官，在英國陸軍中已經官至少校。他的年紀也很輕．出生于1833年，這時候才三十一歲。
他旗開得勝，在陽歷4月初，便會同清軍解了常熟之圍。清廷賞他一個總兵頭銜。
他又進一步，在陽歷5月1日(陰歷三月十四日)打下太倉。太倉的太平軍守軍原有一萬之多，以前浩倫德打它不下，最近李鴻章的弟弟李鶴章也試過一次，結果全軍(三千人)覆沒。
戈登的次一表現，是昆山之役。昆山為蘇州、上海之間的重鎮，四面是平地與湖沼，城區是突出的二百英尺以上的高地。太平軍在昆山有軍械庫，也有煉鐵廠，守軍八千人皆是百戰精兵，而外圍又有譚紹光作為呼應。
程學啟由東邊攻昆山，反被太平軍圍住。戈登帶了常勝軍救他出圍，叫程學啟于出圍以后繼續攻城。戈登自己乘武裝汽船，于陽歷5月31日占領蘇、昆之間的某鎮，切斷太平軍的退路。次日，太平軍棄昆山而走，八千人死了四五千，被俘兩千。他把常勝軍的總部由松江移到昆山。軍中有人抗命，他槍斃為首的一人，下令全體官兵愿留者留，愿去者去。結果，在三千九百名之中，愿去者是大多數，愿留者僅有一千七百人。
戈登頗有辦法。他把新俘的太平軍二千人編入常勝軍中，常勝軍的作戰能力反而因此提高。
清方在取得昆山以后，次一目標是蘇州。李鴻章決定，自己由北邊(常熟)去打，叫程學啟由東邊(昆山)去打，常勝軍繞到南邊，先取吳江，再由吳江去打。
戈登于是帶了兩千二百名兵士、兩艘武裝汽船，在同治二年六月初十日出發，于十四日占領吳江。
到了八月中旬，他會同法國軍官所指揮的“常捷軍”(英文書籍中稱為“中法混合部隊”franco-chinesecontingent)，占領蘇州南門外的八達橋，離開城區僅有五六華里。不久，他進占西郊與北部的幾個據點，與李鴻章會師，合圍。
圍到十月二十四日，城內的太平軍將領于納王郜云官的主謀之下，殺了主帥慕王譚紹光，開城出降。
事前，在郜云官等人與程學啟秘密洽降之時，戈登曾經參加，作為保證人，保證清方不殺降兵、降將。
事后，程學啟于引了納王郜云官等人拜見李鴻章以后，將納王郜云官、比王伍貴文、康王汪安均、寧王周文佳，以及四個將軍、兩千多兵士，一概斬首。
戈登認為“殺降”是背信的不義之舉，十分憤怒。他想殺李鴻章，想進攻程學啟，想奪了蘇州，交還給太平軍。
經人調停，李鴻章親自哭祭了郜云官等人一次，戈登才勉強離開蘇州，退到昆山，仍堅持李鴻章必須引咎辭去江蘇巡撫之職。上海租界及英國的輿論均對戈登同情，美，法兩國的輿論也是如此。
結果，常勝軍不再由李鴻章節制，而改由英國駐華陸軍司令布朗節制。常勝軍的任務，也改為限于保衛上海、蘇州兩地。英國公使布魯斯通知恭親王，請準許戈登以后不再與李鴻章有文字上的來往。
李鴻章知道事情鬧大，不敢再對戈登下命令，卻仍舊照常發給薪餉與給養，并且特撥兩萬兩專款照料常勝軍的傷兵。
清廷為了酬庸戈登，賞他一萬兩銀子與一品頂戴。戈登雖則始終不收這一萬兩銀子，始終只肯自稱為“英軍工兵少校”，但也氣平了些。
過了幾個月，總稅務司英國人赫德替李鴻章作說客，才說動了戈登，重新在李鴻章的指揮之下對太平軍作戰。
這時候，無錫已被太平軍放棄。戈登率領常勝軍先到無錫，由無錫攻打宜興，在同治三年正月二十三日打下。八天以后，又打下溧陽，與曾國荃會師。
其后，戈登連打金壇三次均未得手，死了著干兵，本人腿部受傷。
三月間，戈登會同清軍圍攻滸墅關，逐走守關的太平軍兩三萬，殺了其中的三千人左右。
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