左宗棠不管英國人作何建議，仍舊準備他的次一戰役。清廷中卻又有人認為西征耗費過多。他們說：“烏城(烏魯木齊)吐魯番既得，(已經)有屯兵之處，(其余的地域)當眾建(新國)以為藩籬，藉省兵力”。還有一些人，以為“海防”比“陸防”重要，不如省下一些錢，建立海軍，修筑沿海炮臺。

左宗棠的回答是：倘若放棄南疆，仍要在北疆設防；放棄北疆，也要在甘肅設防。錢那里省得下來？他留下了幾句不朽的名言：“重新疆，所以保蒙古；保蒙古，所以衛京師。新疆不固，則蒙部不安；匪特陜、甘、山西各邊防不勝防，即直北關山亦將無晏眠之日。況今俄人拓境日廣，由西而東萬余里，與我北境相連，僅中段有蒙部遮閡。徙薪宜遠，曲突宜先，不可不預為綢繆者，此也......則設行省，改郡縣，事不容已。”

到了這一年(光緒三年)八月初一，左宗棠收復南疆八城的準備已經完成。劉錦棠軍渡過開都河，長驅直入，于九月初一占領喀喇沙爾；初三，占領庫爾勒；十一，占領庫車。伯克胡里僅有一千多武裝部隊，于略事抵抗以后撤走。十幾萬被裹脅而去的維吾爾族難民，被劉錦棠救出。

伯克胡里與白彥虎逃到拜城，拜城的老百姓閉了城門擋駕，他只得繼續西奔。劉錦棠軍于九月十五日到達拜城，拜城的老百姓開門投降；三天以后，阿克蘇也入于劉錦棠軍之手。

再過兩天，烏什又步了拜城與阿克蘇的后塵。所謂東四城(喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什)，于是完全克復。

十月間，張曜的一軍由喀喇沙爾開抵庫車，作為劉錦棠的后勁。

和闐城的維吾爾族領袖呢牙斯宣布反正，進兵葉爾羌，圍攻葉爾羌城內的安集延頭目。伯克胡里從喀什噶爾趕來擊敗呢牙斯，解了葉爾羌之圍，乘勝追到和闐，加以占領。呢牙斯率部向北，穿過塔克拉馬康大戈壁，投奔張曜。

喀什噶爾原有滿、漢官兵若干人，于事變初起之時投降了阿古柏，這時候在守備何登云與章京英韶的率領之下宣布反正，占領了漢城(疏勒)。

回城的守將阿里達什抵敵他們不過；伯克胡里從和田趕來，幫阿里達什死守。

不久，劉錦棠從阿克蘇率部到達，會同何登云、英韶的反正部隊，于十一月十四將回城攻破。

伯克胡里、阿里達什、白彥虎，都逃去了俄國。叛軍不再有人指揮。其后，葉爾羌、英吉沙爾、和闐，均入于劉錦棠的掌握。天山南北，除了伊犁九城以外，完全克復。

清廷晉封左宗棠為二等侯，封劉錦棠為一等男。張曜在光緒六年被任命為喀什噶爾參贊大臣，其后官至山東巡撫。金順在光緒二年被任命為伊犁將軍，于俄國交還伊犁以后到任。剩下的問題，是如何從俄國人的手中收回伊犁。依照左宗棠、金順、劉錦棠的意見，這問題不難用武力解決。俄軍在伊犁的人數、配備，均遠不足以與左軍的相比。

左軍的補給線誠然很長，俄軍的補給線更長。俄國當時并無西伯利亞大鐵路．第一條越過烏拉嶺的奧布.伏爾加鐵路，到了光緒十年才開始興筑。論國力，俄國在當時也不比中國充實。它的經濟十分落后；教育比中國幼稚；政治比中國更腐化。

然而，李鴻章等人的主和論，占了上風。于是清廷在光緒四年派一個極糊涂的崇厚，去莫斯科辦交涉。崇厚答應俄國：(一)割讓塔城之北、阿爾泰城之西、額爾齊斯河上游的地域，包括這河的匯集之處齋桑泊。(二)割讓伊犁之南，伊犁河的支流特克斯河兩岸。(三)割讓陬爾畢斯河以西。(四)賠償軍費五百萬盧布。(五)俄國商人在天山貿易，概免納稅。(六)俄國商人可以從張家口到通州，由通州到天津，由天津到其他任何港口，與內地的西安、漢中、漢口等城市，來回買賣貨物。(七)俄國除了已經在庫倫、塔城、伊犁、喀什噶爾四個城市設置領事館以外，增設領事館于嘉峪關(肅州)、烏里雅蘇臺、吐魯番、科布多、哈密、烏魯木齊、古城子。(八)中國“粗茶”出口，一律免稅。(九)這條約簽定批準以后，五年以內不許修改。

崇厚如此喪權辱國，雖主和派的人也無法替他解說。結果，清廷將他定了死罪，關在牢里；所簽的“l879年(光緒五年)中俄條約”不予批準。

清廷一面改派曾紀澤為出使俄國大臣，一面命令左宗棠布置軍事，準備于再度交涉破裂之時，用武力收復伊犁。

左宗棠在光緒六年二月，由肅州進駐哈密，命令金順扼守精河，作正面的守勢，劉錦棠與張曜兩軍作為兩翼，對伊犁作鉗形攻勢。半年以后，清廷忽然又軟下來，召左宗棠回京，純靠曾紀澤在莫斯科憑一口一舌向俄國人爭回土地主權。大概是因為俄國派了軍艦，在中國之東的公海上示威。清廷深恐沿海城市“防不勝防”。另一個原因是，李鴻章把戈登從外國請了來，向清廷恫嚇，說：“如果想與俄國開戰，必須準備打個十年不停，而且必須準備把政權交給漢人。”

曾紀澤從光緒六年六月開始，和俄國的外交部長格爾斯、駐華大使布綽夫等人談判，談了五十一次，談到光緒七年正月下旬，才把條約談妥，寫成二十條。其中主要的部分是：(一)特克斯河兩岸免予割讓。(二)加賠四百萬盧布，共為九百萬盧布。(三)領事館暫增肅州與吐魯番兩處，其他五處等以后商務興旺時再議。(四)俄商在伊犁、塔城、喀什噶爾、烏魯木齊及“天山南北兩路”貿易，“暫”不納稅，等以后商務興旺，“由兩國議定稅則，即將免稅之例廢棄”。(五)粗茶出口稅先行酌減，將來進口、出口均接百分之五抽取關稅。

曾紀澤的這一次交涉，可謂差強人意。很多人說，它是中國外交史上的一大勝利，其實這更是俄國外交史上的一大勝利。