就在朱由崧的劍要落下來的時候，有一人突然跪倒在朱由崧面前為錢謙益求情，此人非別，正是無端被他的老師迫害的鄭大木，黃宗羲、鄭鴻逵等人愕然。
朱由崧心中一動就沒往下落這一劍，這時鄭大木道：“陛下，師徒如父子，雖然老師犯下不赦之罪，但大木斗膽，請陛下高抬貴手，留老師一命，如果可以，大木愿意代老師受過。”
都認為此時最恨錢謙益的應該是鄭大木了，然而關鍵時刻鄭大木卻出面為錢謙益求情，而且愿意代師受過，代師受過，這可不是說著玩呢，當著皇上的面，那就是愿意替錢謙益掉腦袋、坐牢！
這是眾人始料未及的，特別是知道內情的東林骨干們，一時間對這個國子監的學生、二十歲的年輕人，全都肅然起敬。
此時學生和老師，人品之高下，猶如云泥。
此時心裏最感動和負罪的當然是錢謙益了，錢謙益老淚縱橫，無地自容了。
在場的人感動之余，全都看向朱由崧，但朱由崧的劍還是落下來了，東林黨人包括柳如是在內，把眼一閉，認為錢謙益必死無疑。
但是朱由崧這一劍下來后，并沒有鮮血迸流，腦袋骨碌在地的情景。
眾人仔細一看，朱由崧這一劍只是把錢謙益的烏紗帽掃去了一半，只剩一個圈和兩邊的翅還戴在頭上，就像個沒頂的草帽一樣，由于劍鋒吹毛利刃，錢謙益發髻被斬落大半，露出腦瓜皮，像是被剃了頭一樣，錢謙益頓時魂飛魄散暈倒在地。
一瓢冷水錢謙益又醒了過來，狼狽不堪的他驚魂甫定后，趕緊叩頭謝恩。
朱由崧將寶劍還匣，對錢謙益道：“朕看在大木的份上不殺你，但也絕不再啟用你，朕賜你出家?！?
就這樣，錢謙益被革除了一切功名，朱由崧擢任吳偉業為禮部尚書，不久南京城紫荊山下的一座小廟，錢謙益和柳如是把女兒小如是交給了朱由崧，一個落發為僧，一個削發為尼。
隨后朱由崧從錢府裏搜出大量的書信，主要是與左良玉來往的信，有真信還有偽信，還有幾封是與鄭芝龍的來往信，由于錢謙益等人均已招供，因此，這些信朱由崧看都沒看，全部當眾焚毀。
方以知、陳貞慧、冒襄、李香君、董小宛等，這些東林覆社的骨干才女們也全都被免除了死罪，這些人感念皇恩，連同黃宗羲在內都愿意認罪歸順朝廷，朱由崧甚至連大牢也沒讓他們蹲，朱由崧的理由是，既然連錢謙益這樣的罪魁禍首都赦免了，何況是這些人呢？
在賀宣嬌等人陪同下，朱由崧扯著小柳是，從錢府回到謹身殿西暖閣，朱由崧讓金皇后負責照看小如是，面對如山的文舉策論試卷，盧九德請示如何處理，朱由崧一笑：“如期為眾舉子開榜，至于這些策論嘛朕也不用一個個再細看了，但也別浪費，天氣這么冷，當柴火吧。”
“陛下圣明，這玩意兒好燒，還沒煙，正適合取暖。”盧九德也不敢樂，躬著身子應諾著。
接下來東林書院被拆除了，說是拆除其實就是換了招牌，是為朱由崧提名王鐸執筆的“皇家書院”，皇家書院與國子監齊名，書院除了清洗后的東林學子外，還招收落弟的貢生繼續就讀。
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