由于此時的東印度公司早已經不依賴于華人勞工，反而將華人視為越來越嚴重的威脅，他們最擔心的是華人與爪哇人聯合暴動，一舉推翻他們在巴達維亞的統治。
如果失去了巴達維亞城，那么東印度公司在爪哇的統治也將徹底終結。
于是，東印度公司當局出臺了越來越多，越來越嚴苛的限制、排擠華人的法令。比如命令華人必須蓄留中國人發式，以資識別，違者處以六個月的苦役。
類似這樣的做法愈演愈烈，在1740年（乾隆五年）公歷七月二十五日這一天，甚至出臺了一項決議，其中規定凡是被認為可疑的華僑，不論有無居留許可證，都要逮捕待審；
凡是不能證明其有正當職業的華僑，一律遣送錫蘭（今斯里蘭卡），由荷蘭殖民當局作最后的處置。
隨著這項決議的出臺，華僑心中壓抑已久的怒火終于暴發了，巴達維亞城郊的一些華人開始四下聯絡，聚集力量，醞釀暴力反抗東印度公司當局。
由于叛徒的出賣，東印度公司方面得到了這一消息，開始為血腥鎮壓做準備，雙方的血戰一觸即發。
恰在這時，有兩個中國人來求見總督瓦爾庚尼爾，聲稱是帶來了清廷軍機大臣的信件。
瓦爾庚尼爾滿腹狐疑的接見了他們，拆開了吳波的信，看過之后大吃一驚。他一面不動聲色的穩住了送信人，一面回到后面緊急與下屬商議。
一番計議后，大家統一了意見，不能因為遙遠的中國一個軍機大臣的一封信，就對已成燎原之勢的華人反荷運動姑息縱容，那樣將會導致滅頂之災。
況且，華人們幾代積累下的大量財富早已經讓這些財狼們垂涎欲滴，正好借此機會據為己有。
于是，一個罪惡的念頭產生了，先將兩個送信人秘密關押，待對華人動手時一并殺掉，就等于從來沒有收到過清朝軍機大臣的信。
將華人殺完后，嚴密封鎖消息，即使將來被清朝廷知曉，就以主動挑釁，殺人暴動的罪名，將責任全部推到華人身上。遠隔重洋，清朝政府還能怎么樣？
現在的中國早已經不是鄭和出使西洋的年代了，鄭成功也已經死了幾十年了，清朝立國后只知道禁海閉關，自施瑯收復臺灣后，五、六十年間就沒打過海戰。
荷蘭也不是大航海之前的荷蘭了，他們不相信清朝會為了這些背離祖國多年，沒為朝廷繳過一文錢賦稅的華人而與海上強國為敵，敢出動海軍來進攻爪哇。
于是，盡管乾隆曾想盡力阻止，然而該發生的一切終究還是發生了。
隨著沖突一步步升級，公歷十月八日（中國農歷八月二十五日）晚上，華僑起義在巴達維亞城郊正式爆發了，起義者向巴達維亞各個城門發起進攻。
然而，這些平民百姓哪里能打得過全副武裝的荷蘭士兵、水手？經過一夜的激戰，華僑起義者傷亡慘重，被擊敗而潰退了。
來自城外的危險解除以后，荷蘭人掉轉了槍口，十月九日晚上，對巴達維亞城內華僑大屠殺的計劃開始實施了。
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