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無數的生靈在洪水中被毀滅，唯有諾亞與其族人依靠方舟漂流在洪水之上躲過了浩劫，洪水將他們帶離了白之月，來到了地球。于是，亞當、夏娃的后裔和莉莉斯的后裔——lilin（人類）相遇了，他們被人類所同化，最后所有的lilin都自稱為亞當的后裔。
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亞當與夏娃以及他們的后裔的離開讓“白之月”一片荒涼，又過了悠久的歲月，孤寂讓做出“流放人類”這一決定的上帝后悔了，于是他做出了新的預言——
【我要將我的子民帶回我的國,在那應允之日,我要你們回歸到最初的的生命,以最初的形態回到我的坐前】
到約定的那日，所有的人類將無分彼此，回歸最初的形態，再無心的隔閡，靈魂融為一體，其名為——人類補完
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《死海文書》或許僅僅是異族中流傳的神話，在很長的一段時間里，在科學日益發達的這個社會它的意義僅僅是作為考古學對于死海附近古文明的參考文獻，然而，50年后一個南極科考團的偶然發現讓全世界為之沸騰了。
2000年冬，南極洲
這是一片寒冷的讓生命無法存活的冰雪領域，然而人類卻依靠引以為傲的科技來到了這里。
站在考察的破冰船上，雖然穿著厚厚保暖棉衣，然而極低的冰寒還是讓科考員們難以忍受，但是此時他們心中卻一片火熱，對于人類而言這是跨世紀的發現。一個偶然的機會，在絕不該存在生命的冰層之下卻被探測出了生命反應，數次的勘察確認后，在x光的透視鏡下映射出的是一枚卵狀物質。
卵，是生命存在的最初始狀態。
這一發現引起了世界的廣泛關注，聯合國派遣“人工進化智能研究所”的碇元渡、冬月帶領科考隊奔赴南極洲，然而這卻成了噩夢的開端。當時作為研究所所長的碇元渡在卵周圍發現有類似原始湯類的粘稠液體。
這一發現足以轟動世界，但是更讓人為之驚詫的，是這一切在兩千年前就被記錄在了《死海文書》之中——
【在世界最南端是死亡的極寒，那里埋藏著莉莉斯之卵】
那粘稠的原始湯更是印證了神秘的卵狀物其人類始祖莉莉斯的身份。
隨后理所當然地展開的是挖掘的工作。
然而誰也沒有預料到，人類親手挖掘出的是怎樣的惡魔，不，那并不是惡魔，而是天使，毀滅了人類的天使——使徒
“莉莉斯之卵”中沉睡的并不止是莉莉斯，還有和她融為一體的亞當。當人類將插在其胸口的一柄長槍（朗基努斯之槍）拔起，亞當（第一使徒，身形在背后有著巨大光之翼）與莉莉斯（第二使徒，白色擁有七只眼的巨人）相繼覺醒。
那是人類無法理解的力量，雖然依靠科技，人類將當時尚沒有完全覺醒的兩個使徒重創并再次封印：第一使徒亞當回歸“莉莉斯之卵”，第二使徒莉莉斯被重創至殘體，被碇元渡秘密運回，以朗基努斯之槍封印，釘在nerv本部下方的十字架上。然而付出的代價卻是整個世界一半人類的生命。
這是一場無法彌補的浩劫，其真相被世界的政府所掩蓋，將其定義為隕石撞擊的災害，這場浩劫被命名為“第二次沖擊”。
然而使徒并不止亞當和莉莉斯，一切仿佛都如約的按著《死海文書》中導演的發展著，隨后等待著人類的是“第三次沖擊”——世界的毀滅。
為了防止“第三次沖擊”的發生，聯合國成立了selee機關委員會，這是一個全權控制全世界所有兵權、資金的龐大組織，成員委員為各國的首腦，平時以全息影像出現。同時“人工進化智能研究所”改名為“nerv”，任命碇元渡為司令，作為selee下轄特務機關。
“第二次沖擊”讓人類深感到自身力量的不足，為此，nerv以碇元渡為首做出的提議——開發以第一使徒亞當為藍本的戰斗兵器。這一提議立刻得到了selee的認同與支持，并將其誕生的戰斗兵器命名為evangelion（eva）。
人類補完，早在兩千年前就寫在《死海文書》中的上帝所編導的劇本，至此等待人類的將會是毀滅抑或是新生？
注：god‘‘srightwiththeworld!字面譯為：上帝端坐于天國，世間依然美好；“人類即為萬物主宰，神靈已然再無意義”是我個人的翻譯，不代表官方。
這句話是selee機關委員會的根本宗旨，也是刻在nerv標志——那片紅葉下的文字。
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