這本題為《關于兩個主要世界體系的對話》的書，于1632年在檢查官的全面支持下完成并出版了，并且立刻被全歐洲歡呼為文學和哲學的杰作。不久教皇就意識到，人們把這本書看作是確認哥白尼主義的論證，后悔允許該書出版。教皇指出，雖有檢查官正式批準出版該書，但伽利略依然違背了1616年的禁令。他把伽利略帶到宗教法庭面前，宣布他終身軟禁，并命令他公開放棄哥白尼主義。伽利略又第二次被迫從命。
伽利略始終是一個忠實的天主教徒，但是他對科學獨立的信仰從來未被動搖過。1642年，即他逝世前4年，當他仍然被軟禁時，他第二本主要著作伊薩克·牛頓
伊薩克·牛頓不是一個討人喜歡的人物。他和其他院士的關系聲名狼藉。他晚年的大部分時間都是在激然的爭吵糾紛中渡過。隨著那部肯定是物理學有史以來最有影響的書——《數學原理》的出版，牛頓很快就成為名重一時的人物。他被任命為皇家學會主席，并成為第一個被授予爵士的科學家。
牛頓不久就與皇家天文學家約翰·夫萊姆斯梯德發生沖突。他早先曾提供牛頓許多《原理》一書所需的數據，后來他扣壓了牛頓需要的資料。牛頓是不許別人回答“不”字的，他自封為皇家天文臺的大總管，然后迫使立即出版這些數據。最后，他指使夫萊姆斯梯德的冤家對頭愛德蒙·哈雷奪得夫萊姆斯梯德的工作成果，并且準備出版。可是夫萊姆斯梯德告到法庭去，在最緊要關頭，贏得了法庭的判決：不得散發這剽竊的著作。牛頓被激怒了，作為報復，他就在后來的《原理》版本中系統地刪除所有來自夫萊姆斯梯德的引證。
他和德國哲學家高特夫瑞德·萊布尼茲之間發生了更嚴重的爭吵。萊布尼茲和牛頓各自獨立地發展了叫做微積分的數學分支，它是大部分近代物理的基礎。雖然現在我們知道，牛頓發現微積分要比萊布尼茲早若干年，可是他很晚才出版他的著作。隨著關于誰是第一個發現者的嚴重爭吵的發生，科學家們激烈地為雙方作辯護。然而值得注意的是，大多數為牛頓辯護的文章均出自牛頓本人之手，只不過僅僅用朋友的名義出版而已！當爭論日趨激烈時，萊布尼茲犯了向皇家學會起訴來解決這一爭端的錯誤。牛頓作為其主席，指定了一個清一色的由牛頓的朋友組成的“公正的”委員會來審查此案。更有甚者后來牛頓自己寫了一個委員會報告，并讓皇家學會將其出版，正式地譴責萊布尼茲剽竊。牛頓還不滿意，他又在皇家學會自己的雜志上寫了一篇匿名的、關于該報告的回顧。據報道，萊布尼茲死后，牛頓揚言他為傷透了萊布尼茲的心而洋洋得意。
在這兩次爭吵期間，牛頓已經離開劍橋和學術。在劍橋他曾積極從事反天主教運動，后來在議會中也很活躍，最終作為酬報，他得到皇家造幣廠廠長的肥缺。在這里，他以社會上更能接受的方式，施展他那狡獪和刻薄的能耐，成功地導演了一場反對偽幣的重大戰役，甚至將幾個人送上了絞刑架。
的手稿被私
下交給一個荷蘭的出版商。正是這本被稱為《兩種新科學》的書，甚至比支持哥白尼更進一步，成為現代物理學的起源。
小辭典
絕對零度：所能達到的最低的溫度，在這溫度下物體不包含熱能。
加速度：物體速度改變的速率。
人擇原理：我們之所以看到宇宙是這個樣子，只是因為如果它不是這樣，我們就不會在這里去觀察它。
反粒子：每個類型的物質粒子都有與其相對應的反粒子。當一個粒子和它的反粒子碰撞時，它們就湮滅，只留下能量。
原子：通常物質的基本單元，是由很小的核于（包括質子和中子）以及圍著它轉動的電子所構成。
大爆炸：宇宙開端的奇點。
大擠壓：宇宙終結的奇點。
黑洞：空間-時間的一個區域，因為那兒的引力是如此之強，以至于任何東西，甚至光都不能從該處逃逸出來。
卡西米爾效應：在真空中兩片平行的平坦金屬板之間的吸引壓力。這種壓力是由平板之間空間中的虛粒子的數目比正常數目減小造成的。
強德拉塞卡極限：一個穩定的冷星的最大的可能的質量的臨界值，若比這質量更大的恒星，則會坍縮成一個黑洞。
能量守恒：關于能量（或它的等效質量）既不能產生也不能消滅的科學定律。
坐標：指定點在空間-時間中的位置的一組數。
宇宙常數：愛因斯坦所用的一個數學方法，該方法使空間-時間有一固有的膨脹傾向。
宇宙學：對整個宇宙的研究。暗物質：存在于星系、星系團以及也許在星系團之間的，不能被直接觀測到，但是能用它的引力效應檢測到的物質。宇宙物質的90％可能采取暗物質的形態。對偶性：在表觀上非常不同但是導致相同物理結果的理論之間的對應。愛因斯坦-羅森橋：連接兩個黑洞的時空的細管。參見蟲洞。
電荷：粒子的一個性質，由于這性質粒子排斥（或吸引）其他與之帶相同（或相反）符號電荷的粒子。
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