學院都市新學期的第一天。
這一天，上條當麻所在的學校出現了“迷之轉學生”，茵蒂克絲第一次交到“朋友”，御坂美琴與茵蒂克絲初次會面，夾在兩人中間、左右為難的上條當麻，與往常一樣不幸，還有由始至終旁觀的白井黑子對于上條的嫉妒……然后，魔法師向學院都市襲來！
“迷之轉學生”，“朋友”，魔法師。
在《特別警戒宣言》之下的學院都市，科學與魔法交叉之時，上條當麻的故事開始了——！
序章舞臺內的表面
學院都市中有座沒有窗戶的大樓。
門、窗戶、走廊、樓梯都沒有，作為建筑物來講，不具備任何機能性的大樓。要是不使用大能力（level4）中的一種“空間移動”（teleport），連出入都做不到的這間密室的中心，放置著一個巨大的圓柱玻璃容器。直徑4公尺，全長10公尺的超強化玻璃制成的圓柱體中裝滿了紅色液體，寬闊的房間四周的墻壁，全部被儀器填滿，從那里延伸出來的數十萬纜線與軟管爬過地板，連接著中央的圓柱。
沒有窗戶的這個房間一直都被黑暗籠罩。只是，遠遠環繞著圓柱的儀器的指示燈與熒幕的光，簡直如同夜空的星星一般閃爍著。
裝滿紅色液體的圓柱中，倒浮著一個身穿綠色手術衣的人類。
學院都市統括理事長，“人類”亞雷斯塔。
看起來既像男性又像女性，既像大人又像小孩，既像圣人又像囚犯。這個“人類”自身的生命活動全部托付給機械，估算得到的壽命超過1700年，包含大腦在內全身大致接近于假死狀態，大半的思考也是靠機械來輔助。
（……，那么，差不多該到了吧。）
亞雷斯塔如此思考的瞬間。仿佛在配合著這個時機，圓柱的正面出現了兩道人影。其中一人是身材嬌小，具備“空間移動”能力的少女。然后另一個是就像陪同女友那樣牽著她手的高大男子。
空間移動能力者依舊一言不發，點了點頭，便再度消失在虛空中。
黑暗之中只剩下高大的男子。
這是名留著桀驁不馴的尖短金發，視線隱藏在藍色墨鏡下的少年。夏威夷襯衫搭配著短褲，做著與這個場合不相稱的打扮。
土御門元春，是泄露英國清教情報的學院都市一方的手下。
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