而關于“坑儒”，這事緣起于秦始皇三十五年(前212年)。

秦始皇駕幸梁山宮，隨行的人馬車騎甚眾。把酒臨風，駐足山頂時，秦始皇偶一抬頭，發現丞相的隨從很多，不由得皺了皺眉頭。當時秦朝的丞相設左右兩名，分別是李斯和馮去疾，不知超標的是哪位。這一細微的舉動被隨侍在側的一個中貴人(宦官)發現了，這個中貴人與超標的這位丞相是朋友，就將皇帝對他的車騎過多似有不滿這一情況泄露了出去。

幾天以后，秦始皇不知道如何聽說了此事，于是大起詔獄，把當時在身旁的中貴人全部處死，弄得人人自危。隨后就發生了侯生和盧生逃跑，四百多人被遷怒而喪命的事。

當時有兩個為始皇求長生藥的術士，一個姓侯，一個姓盧，因為擔心秦始皇會遷怒下來，兩個人便私下議論說：“始皇為人，天性剛戾自用，因為滅了諸侯，統一了天下，就以為自古以來的圣賢誰也比不上他。他高高在上，聽不到批評之聲，日益驕橫;官員們為了討好他，只能戰戰兢兢地說謊欺瞞。

他還頒布法律，規定方士之術不靈就要被處死。如今大家因為畏懼，誰也不敢指出始皇之過，致使天下之事無論大小皆取決于皇帝。他竟然還用秤來稱量大臣們的上疏，如果大臣們每天呈上的疏奏(竹簡)不足一百二十斤，就不讓休息。像這種貪權專斷的人，我們不能為他求長生不死之藥?！?

于是二人腳底抹油，跑了。

秦始皇聽說這兩人逃亡后大怒，說：“盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也?！毕铝顚⒃谙剃柕姆绞俊⑷迳孔テ饋韺弳?，防止這些人多嘴多舌，“或為訞言以亂黔首”。這些方士、儒生為自己辯解時都試圖將罪名推到別人頭上去，彼此牽連，結果確認“犯禁者四百六十馀人，皆阬之咸陽”

這就是發生于前212年的“坑儒”事件。

需要注意的是，《史記》中提到這段時，用的是“諸生”而非“儒生”。而“坑儒”這個詞最早出現在西漢初年的典籍中，此時距秦始皇死后已經一百多年。

那這殺死的四百六十多人都是些什么人呢?自西漢以后，人們幾乎異口同聲地說是儒生。然而，司馬遷在《史記·儒林列傳》中敘及這段史實，原文是說：“及至秦之季世，焚詩書、坑術士”。

術士不等同于儒生。

術士者，方士也，是我國古代好講神仙方術的人。如秦始皇時“入海求仙”的徐福，漢文帝時“望氣取鼎”的新垣平，漢武帝時主張“祠灶”的李少君，自言能“致鬼”見李夫人的齊人少翁，等等。

再者說，騙秦始皇錢財“以巨萬計”的是方士，如率童男童女渡海求仙的徐福，以及誹謗秦始皇并逃跑的侯生、盧生，秦始皇為什么要拿儒生泄憤呢?退一步說，即使侯生、盧生是儒生，秦始皇也不會放過騙走他錢財的方術之士而單單去懲治儒生。換言之，根本沒有證據證明秦始皇當年坑殺的都是儒生。

人們之所以認為秦始皇坑的是“儒”，有一個理由是司馬遷在《史記·秦始皇本紀》中稱所坑者為“生”，而司馬遷在《史記》索引中的說“自漢以來儒者皆號生”，所以，“生”即“儒者”。

其實，這明顯是斷章取義，因為漢代以前，方術之士也可以叫生，如《史記》中有載的安期生就是著名的術士。所以，秦代的“生”不完全是儒生。況且，“坑儒”是秦始皇去世一百多后才出現的說法，于是有人認為，“坑儒”應是西漢文人出于對秦始皇暴政的憤怒，而強加給他的不實之詞。如章太炎、顧頡剛等人，就認為秦始皇并沒有坑過儒，他坑的其實是“方士”。

或者說方士中可能有儒生，前面雖然論證了秦始皇并沒有專門坑儒，但是所坑的“生”中，是否有一部分是儒生或準儒生呢

據《史記·儒林列傳》記載，秦始皇“焚書坑生”之后，扶蘇諫道：“如今天下初定，遠方的人民未必心服。這些儒生（諸生）都是學習孔子的，陛下這么嚴厲地懲罰他們，我怕天下百姓因此而恐懼不安。請皇上明察。”

秦始皇聞諫大怒，把扶蘇趕到遙遠的北方邊境，讓他當蒙恬的監軍去了。此舉，導致了后來的沙丘之變。

司馬遷在記載秦始皇咸陽坑生一事時，只是籠統地說“諸生”或者“術士”，扶蘇在進諫時，則把“諸生”的意思解釋得非常明白：“諸生皆誦法孔子?！薄寮掖砣宋锟鬃拥耐阶油綄O自然就是儒生。

為什么同一本書記述如此混亂呢?可能是因為秦始皇喜鬼神之事，派人到處求仙藥，于是有一些儒生便投其所好，混進術士的隊伍，本想借此博取功名利祿，不想卻被秦始皇所坑，所以司馬遷才說秦始皇“焚詩書，坑術士”。

另外，方術之士多數也是讀書人，可算是準儒生。更何況，一旦殺戮就可能傷及無辜，這些被坑的“生”中難免會有一些被錯殺的儒生。

但秦始皇“坑生”的行為對秦王朝的打擊是巨大的。在司馬遷看來，秦始皇“焚詩書，坑術士”，對當時人們研習“六藝”是個致命打擊。陳勝吳廣起義之時，山東一帶的儒生毅然參加義軍，孔子的八代孫孔鮒還做了陳勝的博士，后來與陳勝一起遇難。陳勝能夠在一個月內就建立起自己的政權，這些儒生功不可沒。

按理說，儒生應該是最維護君臣綱紀的一批人，此時卻紛紛跟隨陳勝造反，一方面或許是因為“焚詩書”式的文化專制政策剝奪了他們進行學術研究的權利，使他們無以為生，忍無可忍之下走上武裝反抗之路。同時也應該與一部分儒生被殺有關。試想，假如秦始皇坑殺的都是些裝神弄鬼、招搖撞騙的方術之士，不會對儒生們產生那么沉重的打擊，所造成的社會影響也不會那么惡劣。

綜上所述，秦始皇焚過書，但并非盡毀;發生咸陽的坑“生”事件，其矛頭主要指向方術之士，但也波及到儒生。