并且立即發動起義。
然而起義軍要推舉的領袖“朱三太子”卻在起義開始后沒了蹤跡，棄家逃了！
朱慈烔是躲起來了，可他的妻妾、女兒、兒媳等人卻因官府通緝而上吊。
三個兒子也被捕。
朱慈烔本人是在山東被清廷捕獲，被捕后供述：“我雖崇禎之子，但從沒有非分之想，遇見那些要妄為的人我勸不住他們，只能躲避茍延殘喘。”
案件被上報到燕京后，康熙非常重視，將朱慈烔本人以及子孫七人全部押到京師，組織九卿會審。
九卿會審是有清一代審訊犯人的最高規格。
鰲拜倒臺都不曾有這待遇。
此外還有一幫明朝老太監也參加了這次會審。
已經75歲高齡的朱慈烔在審訊時對主審官員說：“吾今年七十五歲，血氣已衰，鬢發皆白，乃不作反于三藩叛亂之時，而反于清寧無事之日乎？且所謂謀反者，必占據城池，積草屯糧，招買軍馬，打造軍器，吾曾有一此乎？”
意思他要造反早就造了，機會也多的是，何至于在大清太平盛世年間造反，且他從來沒有干過任何造反的事，一直以來都是以大清順民、良民自居，從未半點非份之想。
以此向清廷求饒。
九卿會審結果認定朱慈烔未參與任何謀反之事，且年事已高可以釋放。
康熙審閱全部案卷后，明知此人確系崇禎之子，但殺之無名，于是硬說他是假朱三太子，重演攝政王多爾滾在順治初年殺明太子的故伎。
朱批：“朱某雖無謀反之事，未嘗無謀反之心。”
就是不管你反不反，有沒有反，想不想反，都得死。
后頒上諭：“朱三即王士元，著凌遲處死。伊子朱堯、朱圭、朱壬、朱在、朱坤俱著立斬。”
也就是說康熙親自下旨將朱慈烔凌遲處死，兒孫皆殺。
而太子朱慈烺則在六十多年前就被多爾袞殺害于燕京。
朱慈烺被殺沒幾天，同在燕京的崇禎女兒長平公主朱媺娖突然去世，年僅16歲。
當時已懷有五個月的身孕。
下落不明的永王朱慈炤則在三藩之亂時于湖南被岳樂俘獲送燕京處死。
定王朱慈烔一家被殺后，崇禎皇帝朱由檢子嗣徹底斷絕。
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