這次文震孟也是依著皇帝的意思，凡是逾期不來領餉的，一律除名削籍，從此不再發餉，至于坐營官以及各哨官把總的罪責，視情可不予追究。只是令文震孟這個狀元公沒有想到的是，逾期不來領餉的人居然如此之多，冒領空餉的額度居然如此之大，號稱三十萬的京師三大營，不久前報備軍機處的實有員額是六萬，而實地點驗的人數，居然只有四萬兩千人。

震驚之余，做事認真、講原則的文狀元，根本不聽三大營坐營官的解釋，即便是英國公軍機大臣張惟賢、成國公朱純臣相繼派人說和也沒有用，根本不給京師勛貴武臣一點面子，限定的最后期限一過，立馬提筆給皇帝上了密折，說明了實情。

對京營的情況，朱大明有心理準備，所以并沒有太意外。而這也的確是整頓京營的一個契機，只是京營牽扯了太多勛貴武臣，輕易不能擅動，英國公張惟賢總督京師三大營，而成國公朱純臣提督五軍營，豐城侯李承祚提督三千營，新樂侯劉效祖與總兵朱國彥共掌神機營。

其中除了豐城侯李承祚涉魏黨被抓以外，其他的都不能重處。尤其新樂侯劉效祖，他是崇禎皇帝生母劉氏的親弟弟，也就是崇禎皇帝的親舅舅，其子劉文炳后來繼承了新樂侯的爵位，崇禎死后，劉文炳與鞏永固受命護送崇禎皇帝的太子出城，結果失敗，全家殉節而死。所以接到文震孟的密折之后，朱大明想來想去，最后決定把三千營的責任歸咎于豐城侯李承祚，以勾結魏逆、欺君罔上、貪墨軍餉之罪，將其抄家斬首，家人流放云南；將五軍營、神機營的責任歸咎于之前的監軍內臣和坐營中官，共十二人，一律抄家斬首，并下旨申斥英國公張惟賢、成國公朱純臣和新樂侯劉效祖，一律罰俸一年。

對于文震孟密折里請示剩余餉銀如何處置的問題，朱大明則在給文震孟的旨意中，令他用剩余的餉銀重新招募一萬八千人，從三大營選官訓練三個月，然后以一萬五千人充實三大營，再以三千人新建一個監軍標營，由監軍御史直領，免得監軍御史說話沒有分量。

與文震孟看到的情況大同小異，帶著尚方劍的倪元璐、施邦曜，分別到達任所之后，也是采取逐營發餉、逐人發餉的辦法，經過半個月的辛勞，終于摸清了宣府和薊鎮的情況，空餉的問題當然存在，但是要比京營好一點，空餉的額度都在兩成左右，而這些空餉倒也不是純粹貪污揮霍了，而是用來養家丁。

營兵是朝廷的，而家丁是自己的，所以多數邊鎮將領喜歡把更多的軍餉挪用過來養家丁，這也是邊鎮普遍存在空餉問題的原因。好在這些家丁將來還是要上陣的，很多家丁隊伍到了關鍵時刻還能發揮重要的作用。這一點與京營比顯然要好一點，因為京營的空餉，就是將領純粹的貪墨，他們不需要像邊鎮將領那樣養家丁戰場保命。

但是即便算上了將領的家丁，宣府和薊鎮也還是有空餉，倪元璐核算之后密折上報宣府鎮營兵兼衛所兵實有員額一萬七千人，空餉三千人。

施邦曜所在的薊鎮三屯營、建昌營營兵兼衛所兵實有一萬六千人，空餉四千人。對于這個空餉的比例，朱大明其實還算是滿意的，至少與當初核實上報的差距只有兩成左右，還不像后來那樣離譜。

但是該處理的人員還是要處理的，而且考慮到兩年后應對建虜的入侵，也有必要趁機清理掉一批不太可靠的將領，宣府鎮總兵侯世祿和薊鎮三屯營總兵劉策還算盡責，而宣府副總兵張承蔭、三屯營副總兵朱來，卻不敢死戰，在面對建虜大軍的時候一降一逃，這樣的人留著也是禍害。

朱大明很快就把倪元璐和施邦曜的密折轉給了軍機處，張惟賢知道皇帝對軍務的重視，所以很快就做出了處理，參照京營的做法，監軍太監和坐營中官一律以欺君之罪處斬。與京營不同的是，根據皇帝的意思，宣府和薊鎮的副總兵張承蔭、朱來同樣抄家處斬，張承蔭的副總兵之位由宣府守備鄧祖禹升任，朱來的副總兵之位則由薊州鎮原參將孫祖壽升任。

之所以升鄧祖禹和孫祖壽的官，并不是他倆有多優秀，只是因為在軍機處會同兵部報上來的候選名單里，這兩個人是朱大明在后世讀明史的時候就知道的。

鄧祖禹是萬歷年間的武進士出身，萬歷年末天啟初曾在沈陽任守備，在出城激戰的過程中被擊落馬下，攻守雙方都以為他死了，結果只是昏迷，等他醒來的時候沈陽城已經淪陷，無奈逃歸，先是論罪處死，后來知道內情的官員上書施救，被改為宣府守備至今，再后來與入侵的后金軍激戰，因公升任宣府副總兵，最后在與流賊作戰中被俘，不屈而死。至于孫祖壽，朱大明了解的不多，只知道他在崇禎二年后金入侵的過程中，跟隨滿桂在德勝門外一起戰死。

宣府和薊州兩個邊鎮虛報兵員冒領軍餉的問題，最后該殺的殺、該罰的罰，數日之內就了結了。這就是有了密折和軍機處的好處，不需要上朝會議論來議論去，讓懂軍事的管軍事、懂政務的管政務，這樣一份工少了扯皮，多了效率。而且軍機處以軍法論罪，根本不走刑部、督察院、大理寺這個司法系統。惟一主管軍法的前后左右中五軍都督府，又是軍機大臣兼著大都督，所以效率就更高了。

當然了，追究責任的事情結束之后，朱大明也分別給倪元璐和施邦曜一道旨意，與給文震孟的旨意基本一樣，都是準許他們拿著剩余的餉銀，每鎮以三千為定額，就地募兵，抽調所在邊鎮將校，編練監軍直領標營。軍機處將皇帝的旨意轉發九邊，整個九邊都是一震，那些虛報冒領額度較少的還好，空餉額度較高而且監軍御史還未到達的，都是趕緊募兵填補，希望躲過這一劫。

而那些監軍御史已到，兵員尚未補充的邊鎮，比如山海鎮、遼東鎮、東江鎮、大同鎮，則是忐忑不安地等待著監軍御史的點驗，等待著皇帝的怒火和軍機處的處置。