翌日，孫越陵力排眾議，再次帶人前往熱蘭遮堡和宋克舉行會談。

這一次，荷蘭人沒有了以往那種囂張至極的神色，態度極為謙恭友善，宋克更是對著孫越陵行了俯身半跪的大禮，隆重款待了使節團一行。

孫越陵此次的態度比任何一次商談都要強硬，接連提出了許多令荷蘭人感到難以接受的條件。宋克不敢頂撞，而是小心翼翼地提出了反對意見，對明方的苛刻條件進行了抗爭。

經過半日的商談，雙方終于達成初步協議，由雙方書辦寫成文字記錄在冊，簽字蓋印，各執一份。

在這份文書里，明方主要提出了三大條件：一是往后荷蘭人必須按照明國的海貿政策來進行貿易，不得私自勾連海商走私；二是從此熱蘭遮鎮要實行高度自治，不再依附荷蘭人的管理。本來這第二條孫越陵打算讓明國來對熱蘭遮鎮行使主權，但宋克等堅決不答應，無奈之下只好折中如此。這樣一來，雖說熱蘭遮鎮仍要處在荷蘭人的影響之下，但畢竟名義上不受其統轄，萬一有變大明隨時能夠派員介入；三是荷蘭人必須交出被明國通緝的海盜許心素，并且保證從此以后不再包庇任何被明國官府通緝的要犯，不得與明國官府作對。

除此三大協定之外，還有一些附屬的小條件，經過雙方的反復商談，也都取得了一致的看法。

商談完畢之后，孫越陵向宋克提出了要其歸停留在港灣內的使節團商船，宋克自然是一口應允，并懇求孫越陵一行在熱蘭遮堡共進午餐后才行離開。

到了這個時候，孫越陵不擔心荷蘭人心口不一，就算是他們心中不服又怎樣？在現今的情勢下，臺灣的漢人勢力在他的干預之下已經得到了大幅的整合，北港的顏思齊部和熱蘭遮鎮的李旦部已經徹底效忠于明朝，就連臺南大肚王國的勢力也和明朝交好。

荷蘭人的兵力并就不多，在熱蘭遮鎮一戰當中又損耗過半，實力大傷。作為一個遠涉海洋而來的他國勢力，荷蘭人如今能在臺灣站住腳已經非常不錯，更遑論用武力征服整個臺灣了，要是荷蘭人繼續對臺灣的其他勢力采取打壓態度的話，消耗戰一旦打起來，他們能夠從臺灣全身而退都是問題。

孫越陵不知道他這么橫插一腳，會不會對將來臺灣被荷蘭人所統治的歷史產生影響，但他知道的是，按照目前的局勢展下去，只要臺灣的漢人勢力能夠繼續保持團結一致，少出一些像許心素那樣的賣國賊的話，那么荷蘭人要想完全掌控臺灣永遠不可能變成現實。

達成協議后，孫越陵將命令交代下去，各方盡快處理完善后事宜，并且往后要按照大明的政策來行事，務必恪守大明和荷蘭達成的協議，不能違背，更不能挑起紛爭。

接下來的十數日孫越陵都留在熱蘭遮鎮，一邊指導他們成立商會聯盟進行自治，一邊命令手下準備各式物資用具以備返程事宜。豈料，顏思齊說什么也不答應孫越陵回閩，強烈要求他一定要前往北港巡視，看一看在他手中達成的“跨海開臺”之事的落實情況。孫越陵無法，只得答應了顏思齊的這個請求，決定先去北港巡查一番后，再返航回福建。

這日，傲天門的門主傲福永帶著手下前來向孫越陵作別。因為孫越陵要去北港，而傲福永等人諸事完畢，不能在臺灣久留，所以要先行一步返航。

孫越陵明白傲福永的心情，傲天門本就每況愈下，如今又有傲天行這等重將隕亡，他心中豈會快樂，不由拉著他的手寬慰道：“傲天行不僅是你的叔父，更是孫某的故交，如今他罹難臺灣，也算是為國捐軀，官府一定不會忘記你們的奮勇之功。門主盡可放心，只要有我孫越陵一天在，定為你們傲天門保駕護航，讓你們早復往日榮光！”

傲福永瘦弱臉龐上的悲傷神情化作了一片感動神色，對著孫越陵連聲致謝，道：“大人真乃仁義之君子……”

送別傲天門商隊三日后，李旦又來向孫越陵作別，說是身體有恙，要返回日本靜養一段時間。

孫越陵對此表示理解，李旦被他兒子李國助囚禁之后，雖然被他救了下來，可郁怒攻心下竟然染上了肺病，咳的越來越嚴重，服了好幾副湯藥都于事無補，所以想要返回日本尋覓良醫診斷。

眼前的李旦臉色一片蒼白，毫無血色，對著他喘息道：“大人……在下實在是有心為大人效力，奈何身子衰弱，只能等到……等到病好了，再來伺候大人……”

孫越陵見他臨走都不忘向自己表忠心，心中多少涌起了感動，看著他道：“李老板有心了，你且去日本安心養病吧，等到病好了再來福建便是，本官隨時恭候大駕！”

李旦勉強笑了笑，喘了一陣，又道：“只是……只是劣子國助給大人添麻煩了，在下想帶他返回日本，從此對他……對他嚴加管教，好生看束，還請……還請大人應允……”

看來李旦還是擔心自己會治他兒子李國助之罪，所以才提出這個請求。孫越陵見他病重至此，心中一軟，道：“這個自然，令郎只是受了奸人蒙蔽罷了，相信經過你的苦口相勸，一定會明白為國效力的道理。”緊接著，話鋒一轉道，“不過，你李家商行在臺灣乃至福建的所有生意，往后要交給鄭一官來打理，畢竟他是你的義子，也是本官值得信賴之人，未知老板意下如何？”

李旦忙不迭點頭，道：“好好，全憑……全憑大人做主?！彼膬鹤永顕q為虐，與明國使節團作對，差一點毀了他的生意根基，這讓他心中忐忑不安，唯恐自己建立的龐大生意網受到影響。既然孫越陵囑意讓他的義子鄭一官來主掌臺灣乃至大6貿易，他自然是求之不得，好歹鄭一官也是他的義子，總比換了別人來強上百倍。

與李旦談完之后，這個身染重病的大海商終于放下心來，押著他的兒子李國助，登上了前往日本的海船而去。

送走李旦后，整個使節團在熱蘭遮又停留了半月，等到鄭一官已經徹底掌控了李旦留在臺灣的生意后，終于登船起航，隨著顏思齊船隊前往北港。

船行似箭，整個船隊在北港碼頭登6后，一行人簇擁著孫越陵，順著新近修好的道路，來到了福建戍民的安扎之地。

艷陽高照之下，只見這一片水道縱橫的土地上，建立起了一座座寮寨，整然有序，呈“井”字形分布，中間還建有高大的望臺，外圍用木欄柵圍著，仿佛一個中小型軍事營寨。在整個營寨的外圍，已經開墾出了大片的田地，無數墾民趕著耕牛、使著犁具勞作期間，場面熱火朝天，充滿活力。

顏思齊看孫越陵露驚訝的神色，說道：“大人，思齊將這第一批赴臺的墾民分為十寨進行管理，放了銀兩和農具，每一寨都撥劃了土地讓他們進行耕種，并鼓勵他們到海上捕魚和山間狩獵，全力展山海營生。如今不到半年，這些人已經在臺灣徹底扎下根來，完全實現了自足自給，且還有產出剩余用來進行貿易之用?！?