送別顏思齊后，使節團在王夢熊水師護送下朝著福建而去，船隊在大海上航行了五日后終于回到了福州。

回到巡撫衙門后的第一件事，就是向巡撫朱欽相稟報整個出使的經過。孫越陵將這次出使臺灣的前前后后詳細地向朱欽相敘述了一遍，直把朱欽相聽得臉色數變，眉頭深皺，最后聽到他們逃出熱蘭遮堡，聯合當地漢人勢力反攻獲勝、逼得荷蘭人不得不妥協的時候懸著的一顆心才放了下來，對著他笑道：“本撫果然沒有看錯孫臬臺，如此兇險異常、困難重重的使命，非你不能完成。”

孫越陵重重吸看一口氣，沉聲道：“中丞，屬下這次出使臺灣，本來一帆風順，如果不是許心素挑唆離間的話，豈會遭此重重困厄？許心素雖然逃脫，但其背后主使者乃是總兵俞咨皋，此人通番誤國、壟斷海貿之罪不可饒恕，還請中丞為我主持公道，不可讓那些為國犧牲的壯士們的血白流！”

朱欽相聞言緊鎖雙眉，一言不。這次使節團出使臺灣雖說達成目的，但也付出了慘重的代價，這些情況他都了然于胸，只是孫越陵所說的問題過于嚴重，他一時之間也難以回答。

孫越陵見他不答，繼續說道：“大人，福建軍方糜爛如斯，俞咨皋坐鎮一方，罔顧朝廷法度，已有割據一方之跡象。還望大人為大明朝廷，為天下百姓著想，千萬不可放縱這種情況的生。”

這話說的很重，朱欽相聽后臉色更是沉重，不由思忖起來。孫越陵的話不無道理，俞咨皋這些年以來確實是獨掌一方，對朝廷的法令敷衍應對，就連巡撫衙門出數道指令都置若罔聞。可是，他轉念又一想，俞咨皋樹大根深，最近又攀附上了魏忠賢這個權閹，要對付他恐怕是困難重重，憑他現在的力量恐怕難以辦到。

想了半天，終于還是嘆了一口氣，道：“不是我不想對付俞咨皋，只是對方實力過于強大，只怕你我二人還扳不倒他。”

孫越陵急道：“中丞，只要你我聯名上書一同彈劾，將俞咨皋通番誤國，包庇海盜的事情歷數上奏，我就不信今上不會治他之罪，別說今上，恐怕就是朝廷的任何一位大臣都難以容忍武將坐大一方，罔視朝廷。”頓了頓，又道，“俞家在福建經營多年，水撥不進，針插不入，早就惹起了朝中許多人的不滿，也許我們的這一道彈折，會是壓死駱駝的最后一根稻草也說不定？”

朱欽相苦笑搖頭，道：“孫臬臺，如今俞咨皋已經依附了閹黨，只要魏忠賢保他，別說區區一道彈折，就是他罪證確鑿也難以入罪。再說了，你我的指責多是臆測，并無真憑實據，恐怕此舉還會引火燒身，對自己不利。”

話說到這個份上，孫越陵知道朱欽相終究是不肯與他一起彈劾俞咨皋，氣道：“既然大人不肯上折，那么屬下一人上折便是，就算參不倒他俞咨皋，也要在皇上心中埋下這一顆種子，讓朝中的臣工們知道俞咨皋的勢力已經擴大到何處地步，竟然能夠隨意左右朝廷的法度，并且還敢派人襲殺朝廷命官！”

朱欽相道：“孫臬臺不可意氣用事，你這樣做只會給自己惹來災禍，斷不是上策。”頓了頓，續道，“你可知最近朝廷生的事情？”

孫越陵心中一驚，道：“大人指的可是楊漣等人？”

朱欽相點了點頭，嘆道：“東林失勢，閹黨坐大，楊漣、左光斗等六人被魏閹抓捕回京，下入詔獄，如今六人已經全部遇難，無一生還。”看著孫越陵，繼續道，“閹黨已經開始清洗我東林，只怕你我二人就算離京萬里，也躲不過這場禍事。所以你此時上書彈劾，斷不是明智之舉。”說罷再次嘆息，眉目之間憂愁更甚。

孫越陵聞言無語，隨著東林的失勢，前有“六君子”、后有“七君子”之獄，都是閹黨對東林展開的報復手段，這些事的大概他還是知道的。可是，要他強忍一口氣，而對俞咨皋這個老家伙完全沒有任何動作，他決計做不到。雖說閹黨勢大，但他相信天啟一定還是信任他的，否則便不會在東林皆遭貶斥的時候偏偏重用他。

而且，經過上次的海盜風波可以看出，天啟還是站在他這一方的，否則他擅自斬殺張汝貞的時候就應該被奪職處理。孫越陵此時鐵下一條心來，縱然是天道晦暝，世道無良，也要彈劾他俞咨皋這么一回，否則對不他的良心，對不起隨他赴死的眾多屬下，對不起大明的衣冠百姓。

主意打定之后，整個人反而變得放松下來，孫越陵對朱欽相正色道：“既然如此，那么此事屬下心中自有分寸，懂得如何去做。大人盡管放心，屬下一定不會牽連大人！”說罷，作揖施禮，闊步而去，將愣愣看著他的朱欽相獨自留在那里。

回到住所后，他連夜寫就了一番奏折，將自己出使臺灣的經過大致敘述，并著重說明了此番出使所遇到的困難并不是來自外部，而是來自于內部，尤其是來自軍方的掣肘。在這篇奏折中，雖然沒有明說俞咨皋，但字里行間所言諸事，無不是指向他這個一方總鎮。這還不夠，孫越陵還特意將俞咨皋試圖拉攏他一起經營海貿的事情詳加敘述，并指出俞咨皋和許心素關系非同一般，許心素之所以能夠壟斷海貿無法無天，背后就是俞咨皋在支持。

當這封奏疏被官差快馬送往京師之際，孫越陵長舒了一口氣，他不知道這封奏疏會帶來什么樣的影響，但他該做的已經做了，他對天啟，對大明，可說是忠心耿耿，毫無二心，問心無愧。

除此之外，他還寫就一封《海貿公私疏呈》上呈朱欽相，在這封奏疏中，指出了官府壟斷海貿的弊病，并結合當前海事貿易的具體情況，詳細說明開海禁、行貿易的必要性，官府只要加強監督和引導即可，不必約束商販，更不能規定船引數量，一切都要任其而行，鼓勵民間百姓多多參與海洋貿易。

這封文書呈上去之后，朱欽相沒有任何表示，孫越陵知道事情不能強為，只能慢慢勸導和解釋了，也許再過一點時間，朱欽相就能看出控制海貿帶來的弊端，從而調整策略也說不定。

接下來的一段時間，孫越陵繼續和6文衡一起處理“跨海開臺”事宜，征召了第二批前往北港的戍民，并將他們送上了開往臺灣的海船。