時間如大河，奔騰東往，一去不返。轉眼之間，時間已經過去三年。
第二次忍界大戰，這場戰爭持續得太久了，積年累月的廝殺下來，各個村子甚至為村子提供經濟保障的各國都已經有些不堪重負。長久的戰爭，多少忍者倒在了這片土地上？或許每天都有新的生命誕生，但現在每天死于戰爭的人數卻又比新生者多得多。一個個生命消逝，讓整個忍界蒙上了一層陰影，連空氣似乎都變得凄涼無比。
不過，在消極氛圍普遍彌漫的情況下，三年來，也有幾件大事發生，震動忍界，給有點郁氣沉沉的忍界帶來一些不同的氣息。
在諸多大事中，最先發生的就是一代忍雄、木葉三代目的三個弟子于雨忍村和半神交手，惜敗之后獲得三忍的名號，倒是雖敗猶榮。之后，三忍中的大蛇丸和綱手離開雨忍村、返回木葉，二人接受任務后分別前往霧忍戰場和沙忍戰場，而另一個自來也則不知所蹤。
二人的任務分配均有考慮：霧忍戰場危急，急需遣派大蛇丸這種戰力卓絕的忍者前去壓陣支援，而沙忍那邊有白牙在，戰力無需擔心，只是要有一個優秀的醫生（尚未有醫療忍者，姑且如此稱呼）攻克毒藥難題。
而在趕赴戰場之前，已經獲得一定地位、享有一定發言權的綱手姬在村里的會議中提出要建設忍者醫療體系的構想——這是她經歷了長久的戰爭，親眼見到眾多傷殘忍者因得不到好的治療，傷勢惡化甚至死亡從而產生的想法。
對于財政早已難堪重負的村子和火之國而言，新開這么一個項目實在是無法承受之重。是以綱手的阻力甚大。總之，經歷了一系列復雜的過程，綱手最后在她男友斷的支持鼓舞下，最終說服決策者，初步建立了醫療忍者的體系。而在愿望達成之后，她也便和斷一起火速趕往沙忍戰場了——當時事業愛情都極其喜人的她不知道那將是她的魂斷之所。
起初，得到兩人、重點是綱手的幫助，旗木朔茂頓時輕松不少，只需全力進攻、不要再保留的他殺得沙忍丟盔棄甲、潰敗千里。但，這也給他們造成了麻煩。在巨大壓力的壓迫下，沙忍們終于反彈，不過他們的方式不是絕地反擊，而是他們口中的斬首行動。
木葉這方真正給他們威脅最大的毫無疑義就是白牙，其次就是綱手姬。但這兩個他們哪個都惹不起：白牙嘛，別說是要他們去暗殺什么的，就是聽見聲音都只想著逃。而綱手也是和半神交手從而得名的三忍之一，實力不俗。這么一來，已經被逼得有些瘋狂的沙忍將視線轉移到了斷的身上——他們想用斷的死來震懾震懾對方，尤其是綱手。
不得不說這計策很差，因為一般的忍者若被如此待遇不會被嚇到反是狂怒，而沙忍則會招來瘋狂的報復。但是，綱手最后的表現竟真讓他們得逞了。從那件事以后，木葉的明珠、千手的公主、三忍之一的綱手姬消失于世人眼前……
綱手走后，好久沒這么“揚眉吐氣”過的沙忍竟士氣高漲，反撲木葉一時讓白牙都沒招架得住。原本壓倒性的戰局又開始糾纏起來……
先不說沙忍那邊，說第二件事。
木葉又出現了一個天才，一個讓全忍界都嫉妒的天才。三年前，獠牙之名傳遍忍界，那叫做木村名的少年進入各方視線，讓人感嘆木葉日后必將又多一員虎將。而僅僅是兩年后，一個叫做波風水門的九歲少年（當時九歲，當下十歲）再次讓忍界為之瘋狂——他竟然在一次戰斗的生死關頭展現出空間忍術的天賦！
空間忍術，空間忍術！這是多么讓所有忍者都垂涎的能力！古往今來，為眾人所知的懂得這種忍術的也不過寥寥數人而已，甚至就是神話中的六道仙人也未留下他會空間忍術的傳說，可見它有多么不凡、多么難得！
這種忍術和什么五行遁術、什么融合遁術、什么血跡淘汰等等等等都通通無關，它要求的不是先天資質，而是真正能體現一個人才能的智慧和悟性，當然，或許還有機緣。總而言之，當二代火影去世后，空間忍術再不見于世間，波風水門的出現徹底讓忍界炸翻了天。
而這位天才在名聲遠播后依舊鍥而不舍的勤奮練習、努力殺敵也讓人們為之側目和贊嘆。當有人問及他為何有了如此出眾的天賦還能一如既往的嚴格要求自己的時候，一貫淡然如水的他雙眼中便會立馬有一道堅定昂揚的斗志一閃而現，然后回答道：“因為我在追趕一個人的步伐！”
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