人類胚胎早期，腦心的側壁外突，形成視目系，即《內經》的目睛命門與腦心在發生學上就有著淵源關系。目是腦心的門戶，腦心是《內經》的命門所藏納的先天之精，是生命之根本。
命門通過目系與腦心相聯通，二者是生命之門與生命之室的關系，門與室是一體的，目系只是通道。生命之門就是儲藏生命物質的地方，生命之室（泥丸宮）就是腦心元精元神所舍藏之處。
腦心就是位于腦髓中央形似泥丸的間腦，間腦主宰著五臟六腑的生理活動，體現著元神的作用，是人體最重要、最核心的生命中樞，去掉大腦皮層生命尚可存在（植物狀態），去掉腦心生命不復存在。
腦心是人體最至關重要的生命物質，它就是目睛命門所藏的先天之精，亦即元精。
目睛命門因藏有腦心這個先天之精而具有非常重要的地位，所以《內經》指出目就是命門，是藏有腦心這個非常重要物質的生命之門。
腦髓有間腦與大腦先后天之區分。大腦有思有慮主宰著軀體視聽言行之心理活動，屬于后天識神；間腦形似泥丸位于整個腦髓的中心，稱之為腦心，腦心無思無慮主宰著五臟六腑內臟的生理活動，屬于先天元神。
睛明所夾之處是為腦心，兩睛明目系交叉像把鉗子夾著腦心。腦心就是目睛命門所藏的先天之精。
間腦形似泥丸是整個腦髓的腦心。人類胚胎早期間腦的側壁外突形成視目系（命門），目睛命門通過目系與腦心相聯通，其有著發生學上的淵源關系。
足太陽之脈起于目睛命門，正應之“足太陽之脈，起于目內眥”，其必起源于腦心，這是由其發生學上的關系所決定的。
腦心元精化生的元氣隨起源于腦心泥丸宮生命之室的足太陽經運行通過目系出生命之門目，即所謂的:“氣出于腦”“陽氣出于目......循項下足太陽”，然后上額循項下入五臟六腑之俞，最后植入足少陰腎經的至**，并唯腎而絡，以命門天火之陽氣溫煦人體內的地（五臟），這還是命門為“五臟六腑之本”和“其氣與腎通”的經絡學證據。
五臟六腑之精氣皆上注于目睛命門，就必上屬于腦心，這也是由其發生學上的淵源關系所決定的。
這就是太極陰陽圖“天之陽氣下降于地，地之陰氣上升于天”在人體內陰陽相互為用的升降運動。
《內經》曰:“人始生，先成精，精成而腦髓生”。
人生先成之精就是先天之精，腦髓就是由先天之精而構成。但是腦髓有間腦和大腦先后天之分，大腦是間腦的自然延伸，是低級腦部位，間腦是腦髓的核心，是高級腦部位，所以“精成而腦髓生”本質上應該是“精成而腦心（間腦）生”，腦心是由先天之精凝聚而成！再合參“命門者，目也”及目與腦心在發生學上的淵源關系，所以腦心就是生命之門目所藏的先天之精！
命門藏先天之精是它最基本的功能，所以《內經》的這個命門目就是命門，它所藏的先天之精就是腦心，如同中醫的心肝脾肺腎五臟系統本身就包含了解剖學上的實質器官一樣，《內經》的命門也是有解剖學物質基礎的，因為沒有脫離物質而獨立存在的功能!
《內經》曰:“太陽根于至陰，結于命門。命門者，目也”。結：締結之結也，即足太陽經是締結于命門的一條經脈；結：植物長出的果實或植物結出的果實，即足太陽是命門長出的一條經脈或足太陽是結出于命門的一條經脈，所以說“太陽......結于命門”；結：系也，即足太陽是系于命門的一條經脈，如同命門為“元氣之所系也”一樣。
《內經》曰:“足太陽之脈，起于目內眥。”也是說足太陽是起于目睛命門的經脈。
足太陽之脈出自目睛命門就必源自腦心，這是目睛命門與腦心在發生學上的淵源關系所決定的。即足太陽之脈是起源于目睛命門腦心的經脈，它屬于目睛命門，這是《內經》所明確的。
元氣就是“大盛之陽氣”，而足太陽經是運行大盛之陽氣的經脈，所以足太陽就是運行命門元陽之氣的經脈，二者是臟經相符的淵源關系，這應是《內經》其臟配其經的本意。
命門腦心元精化生的元氣隨起源于腦心生命之室的足太陽經的運行通過目系出生命之門目（天）即“氣出于腦”“陽氣出于目......循項下足太陽”，然后上額循項下入五臟六腑之俞以溫煦人體內的地（五臟），這就是命門天之陽氣下降于地的經絡學證據。
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