五臟得到命門天陽之氣的溫煦后，便產生五臟地之陰氣以上升于天，但五臟地之陰氣如何上升于命門？
其途徑有二：一、《內經》曰:“五臟六腑之精氣皆上注于目......上屬于腦”，目與腦心在發生學上有著淵源關系，上注于目睛命門就必抵達于腦心，所以五臟六腑之精氣（地之陰氣）皆上升于目睛命門腦心（天）。
五臟六腑之精氣是如何上升于目睛命門上屬于腦心的？
《內經》有“諸脈者，皆屬于目”和“目者，宗脈之所聚”之說，“諸、宗”的字義是“眾、許多”的意思，即五臟六腑之精氣應是通過“諸脈、宗脈”等眾多經脈上升于目睛命門的，然后再通過目系上屬于腦心，以地陰之氣上濟于天。
二、《內經》曰：“腎生骨髓”。腎精主骨生髓通于腦。《內經》又曰“腎者主水，受五臟六腑之精而藏之”。
由于腎是五臟之陰的根本，所以是腎藏五臟六腑之精，即腎精攜帶著五臟六腑之精氣（地之陰氣）通過髓道抵達它的最高點——腦心命門，或者說腎水之精氣通過髓道上升至它的頂點——腦心。
《經》中有曰：足少陰“貫脊，屬腎”。《灸經》曰：足少陰脈“循脊內”，足少陰腎經與脊髓直接相通，即腎或是通過其上循脊內的足少陰腎經經過脊髓（髓道）上升至它的最高點——腦心命門。
腦髓有腦心與大腦先后天之分，腦心的主要內容是丘腦。大腦是丘腦的自然延伸部分，是腦的低級部位，丘腦是腦的高級部位。
無論從形態解剖學還是從生理學觀點看，腦心應是髓道的最高點，腎主骨生髓通于腦的最高點應是腦心，足少陰腎經上循脊內的頂點應是腦心。
如此命門居于人體的上極以其天火之陽氣下降于地，溫煦而不燔灼，蒸化而不干戈，氣化適宜則水之陰氣由此而化而升；腎居于人體的下極以其地水之陰氣上升于天，相濟而不凌盛，奉養而不扼息，濡養有度則火之陽氣由此而生而降。
此陰升陽降水火相濟就是太極陰陽圖陰陽相互為用的升降運動。這也是命門“其氣與腎通”的本意。
《內經》曰：“氣之升降，天地之更用也......升已而降，降者謂天；降已而升，升者謂地。
天氣下降，氣流于地，地氣上升，氣騰于天。故高下相召，升降相因，而變作矣”。
命門大盛之陽氣通過足太陽經的運行入十二臟之俞下降于五臟六腑，降者謂天，所以命門是人體內的天；五臟六腑之精氣通過諸脈、宗脈皆上升于目睛命門上屬于腦心，升者謂地，所以五臟是人體內的地。
命門足太陽經大盛之陽氣下降于五臟六腑，五臟六腑門足太陽經下降于五臟六腑之俞，并唯腎而絡，腎精主骨生髓直通于命門腦心，這就是“水能升而火能降，一升一降，無有窮已，故生意存焉”的天人相應觀。
命門天之陽氣與五臟地之陰氣相互為用的升降運動將命門與五臟有機地聯系在一起，使人體成為一個對立統一的之精氣（陰氣）皆上升于目睛命門，這就是“氣之升降，天地之更用也”的天人相應觀。命整體，所以“人身小天地”“人是小乾坤”。
從整體看，命門陽中有陰，五臟陰中有陽就是太極陰陽圖陰陽互根的結構模式；命門天之陽氣下降于五臟，五臟地之陰氣上升于命門就是太極陰陽圖陰陽互用的運動模式。前者是結構，為體，后者是功能，為用，符合任何一個事物都有結構（體）與功能（用）的兩個方面，也符合太極陰陽圖的兩大特征。
命門與五臟高下相召，升降相因，而生機不息，這就是《內經》的“天人合一”之道。
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