再也沒有向朝鮮半島用過兵。日本向大唐派出了一批批遣唐使和留學(xué)生，無論大唐的衣冠服飾，還是大唐的典章制度，統(tǒng)統(tǒng)照搬回家，全盤唐化使日本成了一個與唐朝區(qū)分不出彼此的國家。

白江口海戰(zhàn)之后，百濟諸城再度歸附，唯有任存城的遲受信堅持不降。

百濟義軍首領(lǐng)沙吒相如、黑齒常之在唐軍秋毫無犯的感召下，再度向唐軍投降。在此之前，他們曾聚眾響應(yīng)扶余福信，嘯聚山林，

多次與唐軍作戰(zhàn)。此次，劉仁軌決定派沙吒相如、黑齒常之去平定任存城，遭到孫仁師的堅決反對，他表明了自己的態(tài)度，

“我信不過他們”，劉仁軌向他耐心說服，“我看沙吒相如、黑齒常之都是忠勇有謀之人、感恩圖報之士，知道目前形勢是順我者昌、逆我者亡，

立功的機會他們不會放過，無須懷疑他們的忠心”，孫仁師認(rèn)可了劉仁軌的想法，

于是唐軍向黑齒常之所部發(fā)放糧食和武器，并分兵相助，很快攻陷了任存城，遲受信拋妻棄子，狼狽逃竄，投奔了高麗，至此，

百濟全國再度被唐軍平定，形成了對高麗的夾擊之勢。大功告成，劉仁愿、孫仁師回國復(fù)命，劉仁軌則留下來鎮(zhèn)守百濟。

百濟戰(zhàn)亂之后，民生凋蔽，百廢待興，劉仁軌充分展露了自己的經(jīng)營才干，把當(dāng)?shù)氐纳a(chǎn)搞得有聲有色，很快就呈現(xiàn)出一片安居樂業(yè)的戰(zhàn)后景象。劉仁軌當(dāng)然不會忘記自己堅守百濟的初衷，

他率軍屯田，聚積糧草，操練士卒，風(fēng)雨無阻，為下一步對付高麗做好戰(zhàn)前準(zhǔn)備。不出劉仁軌的深謀遠(yuǎn)慮，數(shù)年之后，高麗就重蹈了百濟的命運。

劉仁愿回到京城后，唐高宗問他，“你在百濟的前后奏請，有條有理，文采飛揚，很合我的心意，你是個武將出身，何以能夠如此才華出眾”。劉仁愿據(jù)實回答，

“這全是劉仁軌的手筆”，絲毫不愿掠人之美，唐高宗龍心大悅。給劉仁軌連升六級官階，

任命為帶方州刺史，并為劉仁軌在長安建造一座宅第，以表彰劉仁軌立下的豐功偉績。當(dāng)朝重臣上官儀也稱贊過劉仁軌和劉仁愿的為人處事，“仁軌遭黜削而能盡忠。仁愿秉節(jié)制而能推賢，皆可謂君子矣”。

劉仁軌善解君心，揣摩圣意，上表陳述了唐軍在百濟的一系列困難，皇帝都言聽計從，一一予以解決，從此，劉仁軌就成了唐高宗最信任、最親近的大臣之一。

麟德二年（公元665年），唐高宗前往泰山封禪，劉仁軌帶來了新羅、百濟、耽羅、日本四國的使者。為大唐的祭祀活動增添了最大的榮光，唐高宗高興異常，提升劉仁軌為大司憲，

后又兼任檢校太子左中護(hù)，封樂城縣男。按照一般常理，成為舉足輕重的朝臣后，劉仁軌就有條件對陷害過他的人進(jìn)行秋后算帳，袁異式自然難逃一劫。

可是，劉仁軌老于人情世故，他要憑借此事。讓所有的同僚都看到自己的博大心胸，于是宴請袁異式，做了一場出色的秀。酒席之上，他將自己的酒杯倒光。告訴袁異式，“仁軌若念疇昔之事，有如此觴”，

主政之后，又提升袁異式為詹事丞，推薦袁異式做司元大夫。時人無不對劉仁軌的以德報怨欽佩萬分，唐高宗也因此對劉仁軌好感大增，屢屢托以重任。

乾封元年(公元666年)，高麗莫離支泉蓋蘇文去世，其長子泉男生繼承了莫離支的位置，泉男生的弟弟泉男建、泉男產(chǎn)不服這個安排，發(fā)兵攻打泉男生，泉男生抵擋不住，就派自己的兒子泉獻(xiàn)誠到唐朝乞援

。唐朝等來了高麗內(nèi)亂的千載良機，當(dāng)然不肯錯過，朝廷任命李勣為遼東道行軍大總管，節(jié)制諸軍，統(tǒng)率數(shù)道合擊高麗國。

劉仁軌出任遼東道副大總管，后又改為熊津道安撫大使，全力協(xié)助李勣的雷霆攻勢，

到了唐高宗總章元年（公元668年）的冬天，高麗滅亡了，并入了大唐帝國的版圖，唐朝在高麗舊地設(shè)置九都督府、四十二州、百縣，由平壤的安東都護(hù)府統(tǒng)轄，以右威衛(wèi)大將軍薛仁貴為檢校安東都護(hù)，