對于掃滅所有反抗陰謀勢力和孝陵前處決的威懾，朱慈烺內心并未激起多達波瀾，這些事情他已習以為常了。
下免就是善后和安排官員安撫各地，更加全面的掌管整個江南，為大明的發展打下基礎。
相關政策十部各官已經按部就班的實行，朱慈烺只需要考慮戰略問題，制定政策。
現在漕運總督、南直隸巡撫等位置空缺，朱慈烺決定任命盧象升為漕運總督，調湖廣巡撫方孔照為南直隸巡撫，宋應星為國子監為國子監祭酒。
他又以閻應元、張煌言等人補充為南直隸各府地方官的空缺，對支持新政的原復社士子陳貞慧等人補充禮部等部門空出的位置。
盧象升丁憂已經結束，朱慈烺原本是讓其擔任南直隸巡撫的，想想大明的流官制，擔心皇帝老子的犟脾氣耍性子不批，于是退而求其次，讓盧象升整治漕運。
原湖廣巡撫方孔照也是太子黨的成員，由他調任南直隸最好不過，只是湖廣巡撫的人選朱慈烺看一時沒有適合的人選。
對于朱大典的善后，朱慈烺下令將刺殺朱大典的李大海凌遲處死，并掏出心、肝在朱大典的墳前致祭。
朱慈烺已經上書崇禎，追封朱大典為婺安伯、太子太保，議謚號“文肅”，按照巡撫陣亡例賜恤，入祀“忠烈祠”。
朱大典的幾個子嗣皆有升官，長子朱萬化升應天府府尹，次子朱萬文升淮安府知府，三子朱萬武在天武軍中，外放松江府守備，四子朱萬杰賞刑部員外郎，五子朱萬雄賞禮部行走，長孫朱鈺入南京國子監學習。
朱慈烺雖然對敵暴戾，但對追隨自己的文臣武將一向不吝賞賜，給朱大典封伯已經是他盡最大努力爭取了，日后稱帝，他還準備追封朱大典為侯爵，以示對追隨者的恩澤。
朱慈烺在考慮湖廣巡撫的人選時，想到了丁憂結束的史可法。
聽聞史可法為官無私清廉，兩袖清風，可比包公、海瑞，他身為文武高官，食不甘味，寢不解衣，過年時將分到的肉食全分給將士，自己只用鹽和醬油下酒。
朝中大臣們都不相信當過漕運總督的史可法不貪，崇禎皇帝也不信，派人在史可法丁憂回家的路上盤查，只在箱中找到幾把扇子、酒杯和奏折，滿朝文武不禁對他肅然起敬。
朱慈烺也敬佩史可法的為人，只是史可法出身東林，讓他有些擔心會不會抵制新政，不放心將湖廣巡撫如此重要的職位讓其擔任。
史可法奉命進宮后，并沒有化身圣人說教朱慈烺，雙方的相見可以用一團和氣來形容。
談起江南的這場變亂，史可法先是對朱慈烺吹捧了約莫一刻鐘，這才痛心疾首道：“為官之人飽受朝廷恩義，不思報效，卻做這等禍國殃民之舉，實在是大明之不幸。”
朱慈烺微微一笑，暗道這位大佬倒也精明，識大體！
史可法罵了一陣后，開始詢問朱慈烺，道：“不知殿下對空缺的各官有何安排？”
朱慈烺將龍案上擬好的官員任免名單遞給了他，笑瞇瞇道：“本宮準備將之呈報父皇，你覺得如何？”
對于朱慈烺的任免官員上報朝廷的態度，史可法頗為安慰，至少在明面上，皇太子還是尊重皇帝的，不過越是如此，他越覺得皇太子不簡單，心機謀略不凡，懂得適可而止。
史可法小心翼翼的接過文書，定睛一瞧，不由得暗暗點頭，由盧象升接任漕運總督，他還是信服的，只是為什么上面沒有自己的名字呢......
看著史可法有些不自然的表情，朱慈烺又將一份擬定的幾條政策遞給他，笑道：“你對這些新政有何看法？”
史可法快速掃了幾眼，心中微微一驚，太子這是要廢除傳統時代的“士、農、工、商”身份制度，廢除軍戶制度，徹底取消江南各省所有衛所，這可是大動作啊！
史可法沉吟了一番道：“南直隸、浙江、湖廣三省的衛所，在殿下的整改下已經名存實亡了，朝廷兩年前已有政策，要求全國清查衛所土地，如今廢除軍戶和取消衛所制，也是大勢所趨，只是......”
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