崇禎十四年七月十日，完全病愈的朱慈烺結束南巡，從寧波府乘坐龍舟經過上海回到了南京。
回到南京的第一件事，朱慈烺便下旨開上海、寧波、臺州、溫州四地為第一批商埠，并派出使臣前往南洋告知尼德蘭聯省共和國（荷蘭）、西班牙、葡萄牙等國總督。
朱慈烺允許這些洋鬼子與大明正式通商、互派使臣建立大使館，主要想收回洋鬼子在大明國土的據點。
十五世紀和十六世紀，隨著地理大發現，世界進入海權時代，歐洲新興的海權國家紛紛往亞洲拓展勢力。
天啟四年（1624年），荷蘭東印度公司為建立與中國、日本貿易的據點侵入臺灣（明朝官方稱臺灣為東番），在臺灣南部修筑熱蘭遮城和普羅民遮城進為殖民統治。
西班牙則是在臺灣北部建立據點進行殖民，葡萄牙向大明租賃了澳門，每年交租并遵守大明的律法，還算老實。
這些地方朱慈烺肯定都會收回，現在通過經濟談判進行磋商，如果他們還不知好歹，只能武力收復了。
這些歐洲殖民者以公司的名義進行殖民，主要是為了賺錢賺黃金，料羅灣海戰后，在海上趕大車的荷蘭人討不到好處，只能向鄭芝龍低頭，通過交錢購買鄭家旗號進行貿易，所有的貨物都是經過鄭家這個中介來買。
一旦大明再開放幾個商埠，直接與他們做生意，朱慈烺相信洋鬼子們會感興趣的。
為了更好的促進海貿發展，朱慈烺廢除了民間建造大帆船的禁令，讓民間商人積極造船遠洋貿易。
明朝中后期，朝廷禁令松懈，加上海上貿易越來越發達，林鳳、汪直、徐海這些亦盜亦商的海上勢力根本就無視朝廷的禁令，海禁名存實亡。
與其讓這些商人冒充海盜擾亂東南沿海，還不如給他們名義進行正規貿易。
為了保護沿海商埠，朱慈烺正式成立大明皇家海軍，陸續調集南直隸、浙江各海防衛所的戰船，將所有八百料以上的大型戰船集中在一起，每艘戰船上布置六門十八磅紅夷大炮，十門十二磅紅夷大炮，六門六磅炮，這噸位最多能布置這么多了。
其他幾百料的小船全部裝備幾門六炮紅夷大炮，其他在長江和沿海作為海警船，稽捕海盜和水匪。
南直隸最大的是南京操江水師，原本是魏國公徐弘基掌管，徐弘基被處死后，朱慈烺便讓懷遠侯常延齡掌管，曾從上海上運糧支援遼東的沈廷揚任副手。
從南直隸和浙江的所有水師中，勉強能湊夠十艘八百料以上的戰船，所裝備的紅夷大炮都是從太平府重炮廠所造的重型紅夷大炮。
早在崇禎十年，朱慈烺就考慮建立海軍，早早的設立重炮廠并采用鐵模法造炮，專門為海軍建造十八磅以上的大口徑火炮。
朱慈烺在大明皇家海軍下設立了靖海艦隊，由南直隸和浙江水師組成，基地設在浙江舟山。
舟山背靠寧波府與上海縣兩地，其形如舟揖，地理位置優越，水深浪平，是不可多得的深水良港，后世的東海艦隊基地就設立在那。
海軍最關建的造船技術，朱慈烺接連在浙江舟山、南直隸太倉、太平府三處港口建立了三座大型造船廠建造戰艦，船塢都在萬噸級。
朱慈烺又下令重金招募江南各省造船工匠，明朝中后期，隨著海禁的名存實亡，一些私人造船作坊發展了起來，他們無視朝廷禁令制造兩桅以上的大船，在明末時期，民間的造船業反到要比官方更發達，這些人才要是不用簡直是天理不容！
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