各地衙門不敢耽擱，立即奉命采取遮斷交通，嚴密檢查的方式，圍繞鼠疫最嚴重的一些州縣組織起重重防線，防止疫情過度蔓延。
首先，長江沿岸禁止航行，片板不得入江，所有從船只集中當地州縣碼頭，由軍隊統一管理，所有損失由當地衙門出資補助。
各地路口更是貼滿了橫幅，上書：南下逃難莫亂跑，服從安排管吃好，堅決打贏防疫戰，天佑大明渡難關！
在上級官員的逐級嚴令下，江南各地貼出了禁止走親訪友的告示，有些地方的宣傳口號頗為奇特，上書：今年上門，明年上墳！
有的地方，村口寫著：此路禁行，外來人員私自進村等于屠我村莊！入者，人必殘！
還有的地方，當地甲長面帶口罩，手持青龍偃月刀守在村口，禁止任何外來人員進村，如有觸及，毫不手軟......
四月中，疫情得到控制，但仍在一定范圍內擴散，究其原因，便是感染之人死去的尸體通過蠅蟲傳播病毒。
為此，朱慈烺專門召開了朝會，討論過這個問題。
在他的示意下，在南京城匯報工作的兩廣總督楊士聰，在朝會上提議火化這些尸身，控制疫情傳播。
沒有意外，楊士聰遭到了群臣的抵制辱罵，在當時，火化相當于挫骨揚灰，誰愿意將自己的親人燒成灰？這簡直就是大逆不道！
“死者為大，入土為安，楊士聰你枉讀圣賢書，竟想出如此違倫理道德之事，真是我輩讀書人的恥辱！”
“對，其言可誅！”
面對群臣呵斥辱罵，楊士聰硬著頭皮道：“鼠疫橫行，此間威力大家也看到了！嚴重性已經超越了孝道，當以大道之法，讓附身瘟疫回歸天地！”
朝會爭吵熱烈，朱慈烺即時終止，就此作罷。
第二日，楊士聰坐船自海上反還廣東，一回到廣東，他立即下令收集感染鼠疫而亡的疫尸千具，并將之集中在城外焚燒火化。
聞訊的江南文人口誅筆伐，民情亦是洶洶，紛紛指責楊士聰喪盡天良，請奏太子將之誅殺，以平民憤！
在漫天的奏本中，朱慈烺強行按下此事，并拖延了一個多月，最終功夫不負有心人，兩廣之地的疫情得到大大的緩解，死亡人數急速下降，感染之人也越來越少。
當楊士聰再次出現在南京城時，上奏道：兩廣之地再無感染鼠疫之人，臣請天下效仿！
都察院左都御史李邦華不信這個邪，決定親身前往廣東視察，揭穿此獠的真實面目，然而當他乘坐快船抵達廣州時，發現此地已經解除了封城封路，往來之人不斷。
李邦華親身巡視了幾個地方，又微服私訪了一番，最終得出結論：楊士聰沒有說謊，廣東疫情真的退去了！
李邦華當即上書，奏請各省效仿兩廣之法，焚燒病尸。
不過他到底怕得罪天下讀書人，便在后面加了一條：請朝廷為火化者賜棺入土安葬。
此事震動了整個江南之地，朱慈烺自然表示同意，又下令將患者接觸過的家具、用物等一并焚燒，損失由當地衙門補償......
經過數月的宣傳，大量銀錢和糧食的投入，各地嚴厲的監控預防，江南各省疫情漸漸好轉，鼠疫得到了有效的控制，除長江沿岸各府縣，南方各省陸續解除封城封路。
這一場防疫戰下來，朱慈烺數年之間囤積的糧草幾乎見底，加之北方鼠疫依舊泛濫，他不得不推遲大規模舉兵北上掃除流寇的計劃。
書友正在讀： 從武動乾坤開始的劍修 半裸江山 穿書后，炮灰女配她又颯又有錢 我的味道該死的迷人[花滑] 《乾隆皇帝》 容臣不死 長生十億年 腹黑劍帝重生記 神豪直播，隨機抽取職業技能 浮華逝夢 嫁給繼兄后 大唐之攤牌了朕真不是你爹 戰爺，你家萌妻不是人 情欲纏綿：我的出軌自白 楚氏贅婿 我家夫人病好了 笑傲之西岳靈風 超級贅婿 深情時感人最深 如弈歌 漂亮的她[快穿] 重生末世：空間屯糧養崽崽 騙婚總裁：獨寵小嬌妻 山村養殖 重生之我真的想低調啊 橫掃官場 陳寧宋娉婷的 都市：我在垃圾堆里被封神了！ 獄鎖狂龍 超級無敵召喚空間 屬下累覺不愛了 咸魚系文豪 吾既是蟲潮 我真不是大羅金仙 陸云葉傾城 極品桃花運 攜美同行 快穿之逆襲人生的女配 珠玉在側 漂亮咸魚[無限流] 他的掌心痣 嬌弱女魔頭的自救手札 諸天從神棍開始 末世指揮官 權寵卦妃：攝政王的心上嬌 可以修仙 心刃 救世大佬只想退休 青云妻上 蒼藍有間酒樓 炮灰鼠鼠和綠茶‘受’HE啦 上帝說，要和諧 幼崽降臨暗墮本丸！ 替嫁將軍 帶著美貌贅婿發家致富 從百倍天賦開始無敵 王妃她不干了 刀了攻略的反派之后 蟲族之天皇巨星 望余雪 蟲族之萬千星 武俠世界大魔頭 病弱炮灰，在線修羅場 社恐被迫在分手綜藝當海王 男友是個古代人 網王不二越之溫暖 【快穿】瘋批反派總想對我強取豪奪by零次方 你吵到我眼睛了 兇狠系男神 我不要愛你了 一婚二愛 偷吻月亮 替嫁成婚：總裁的嬌寵甜妻梁若馨傅琛 病嬌男主逼我談戀愛[穿書] 傲世妖嬈 朝華令（重生） 江顏 科技系統學習強國 精靈時代：我用掌機開始刷閃 全民轉職：死靈法師！我即是天災 穿成萬人嫌我暴富了 桀驁王爺：盛寵醫妃 亡國后，我依然是公主 秦影帝說他缺我這朵小白花 古穿今：他的公主殿下炸翻娛樂圈 萌娃來襲：小妻太火辣 暴君的籠中雀 甜蜜追捕，傲嬌Boss來追我 偏執總裁的心尖寵 霸道校草求我回頭 嗨，甜心【正文+番外】 豪門女配，發瘋爆紅 皇兄跪求我嫁女駙馬 紅顏謀 隨身空間之蘭悠 此生終薄幸 我的英雄學院之生命與死亡 帶著空間養包子 重生之我真沒想當渣男女主 五靈縹緲錄 哥哥是女裝大佬 嫂子，你好性感 天朝搶狗食 重生之嫡女毒后 快穿攻略：渣女本色 江山為聘 我可以給你當小媳婦兒 我真不是你相公 開局四大名旦教我唱戲 鄉村小神醫 山狼 我的女神教授實在太絕美了 九叔：從義莊開始簡化修仙 夫人又在裝柔弱 【原創黑化】病態愛戀妄想集 神級大鏢客 青春期 年級榜上見[重生] 禁止欺負話本女主 予春 斗羅從簽到裂空座武魂開始 斗破之蕭炎控的納蘭嫣然 抗戰：最強少帥！敗家就變強 招財錦鯉：獵戶嬌妻超旺夫 你好，醫生大叔 神通一道，悄悄觀經百年成天仙 我在死亡邊緣反覆橫跳 我有一個屬性面板 快穿系統：攻略男主們 付胭霍銘征 最強老祖宗 億萬前妻又要逃溫栩栩 我爹是仙帝 十全十美：夫君多多多 [綜武俠]我帶盲盒系統穿武俠 且許情長也白頭 末世：開局覺醒SSS級掠奪天賦 席悠常逸仙 王牌帝妃 在漫威當大忽悠的那些年 領導跪求我原諒[蟲族] 火神最新 天門神醫 拯救毛茸茸龍傲天男主 閻王溺愛：孟婆追夫記 宿敵誤我當神仙[系統] 曾經很多次 無限天災，經營求生 [沙海丨汪燦]齒輪 中也干部的狗血文學