游戲最初是一個(gè)自卑懦弱、沒有朋友的少年。在8年前他的爺爺送給了一個(gè)從埃及帶回來(lái)名為「千年積木」寶物。8年的時(shí)間里游戲不斷拼湊著積木，在即將拼好之際卻發(fā)現(xiàn)少了一塊積木，原來(lái)這一塊積木被他的同學(xué)城之內(nèi)克也扔進(jìn)了河里。這時(shí)風(fēng)紀(jì)委員牛尾哲以替游戲報(bào)仇為借口揍了城之內(nèi)一頓并以此勒索游戲，游戲?yàn)榱吮Ｗo(hù)城之內(nèi)也遭到了牛尾的毆打。城之內(nèi)深受感動(dòng)，幫助游戲把最后一塊積木從河里撿了回來(lái)，讓游戲拼好了積木。在拼好積木之后，游戲的體內(nèi)開始出現(xiàn)了「另一個(gè)自己」，每當(dāng)自己遇到危險(xiǎn)時(shí)，「另一個(gè)自己」就會(huì)出現(xiàn)，用「黑暗游戲」打倒并懲罰對(duì)方。游戲也和城之內(nèi)克也、本田廣以及真崎杏子成為了好朋友。[2]

游戲的爺爺是一名游戲癡迷者，經(jīng)營(yíng)著一家名叫做「龜游戲店」的店鋪。某一天突然流行起來(lái)的決斗怪獸卡，引起了海馬集團(tuán)的董事長(zhǎng)、天才少年海馬瀨人的覬覦。面對(duì)被奪走的「青眼白龍」，游戲與「另一個(gè)自己」向海馬發(fā)出挑戰(zhàn)。[1]

death-t篇

海馬集團(tuán)的董事長(zhǎng)、天才少年海馬瀨人對(duì)于輸給游戲一事一直耿耿于懷，為了復(fù)仇打倒游戲，他早就準(zhǔn)備好了一切。首先從世界各地搜集了3張「青眼白龍」，其后強(qiáng)迫游戲的爺爺武藤雙六用海馬集團(tuán)新開發(fā)的立體影像系統(tǒng)與其決斗，在打倒武藤雙六后奪走他的「青眼白龍」并且撕毀，遭到打擊的爺爺?shù)沟夭黄鸨凰偷结t(yī)院。[3]

得知情況的游戲來(lái)到海馬集團(tuán)，為了向身處大樓頂層海馬挑戰(zhàn)，與城之內(nèi)、本田、杏子等朋友們開始了對(duì)一個(gè)個(gè)「死亡游戲」的發(fā)出挑戰(zhàn)。最后游戲成功來(lái)到頂層，用爺爺?shù)目ńM與擁有3張「青眼白龍」的海馬展開對(duì)決，召喚出無(wú)敵的怪獸「艾克佐迪亞」擊敗海馬，粉碎了海馬的心之暗。（在朝日版的動(dòng)畫中被刪減到只剩一集）[4]

rg篇

班上新來(lái)了一個(gè)轉(zhuǎn)學(xué)生貘良了，與游戲等人成為了朋友。貘良邀請(qǐng)游戲等人來(lái)家中玩rg游戲。在游戲進(jìn)行中，游戲等人昏了過去，醒來(lái)后發(fā)現(xiàn)自己變成了rg游戲中的角色，而暗游戲此時(shí)現(xiàn)身，發(fā)現(xiàn)貘良的身體正被他所佩戴的「千年智慧輪」中的邪惡人格操縱，遂與暗貘良展開了黑暗游戲的對(duì)決。最終眾人齊心協(xié)力，在rg棋盤內(nèi)擊敗魔王索克，使表貘良奪回了身體，打倒了暗貘良。（動(dòng)畫版中被改編為決斗者王國(guó)中的一集）[5]

決斗者王國(guó)篇

國(guó)際幻象社董事長(zhǎng)帕加索斯·j·克羅佛多覬覦海馬集團(tuán)的立體影像技術(shù)，想通過收購(gòu)海馬集團(tuán)得到它。但海馬集團(tuán)董事會(huì)的五巨頭開出了一個(gè)條件，那就是必須打敗海馬的宿敵游戲。于是帕加索斯用神器「千年眼」的黑暗力量綁架了武藤雙六的靈魂，強(qiáng)迫游戲參加自己主辦的「決斗者王國(guó)」大賽。游戲想救出爺爺，就必須贏得比賽的冠軍并打倒帕加索斯。為此游戲一路過關(guān)斬將，得以與帕加索斯展開決斗。帕加索斯利用能夠看穿對(duì)手心理的「千年眼」占據(jù)優(yōu)勢(shì)，但最后被游戲用人格交替的手法破解。最終游戲儀式召喚出「黑混沌之魔術(shù)師」，擊破了帕加索斯的終極王牌「千眼納祭魔」，救出了被帕加索斯封印的靈魂（在漫畫中，帕加索斯被暗貘良?xì)⑺啦Z走千年眼）。[5]

ddd篇

班上新來(lái)的轉(zhuǎn)學(xué)生御伽龍兒，奪走了游戲的千年積木，要挾游戲用自己開發(fā)的新游戲「ddd」龍骰格斗（動(dòng)畫版稱為ddm）對(duì)決，目的是替因在游戲中輸給雙六而毀容的父親報(bào)仇。表游戲?yàn)榱藠Z回積木而戰(zhàn)，并在這場(chǎng)第一次玩的游戲中打倒了御伽。（動(dòng)畫版進(jìn)行了大量改編，將御伽的戰(zhàn)斗理由改為替帕加索斯復(fù)仇，而奪走千年積木要挾表游戲則改成為被馬利克操控的基斯）[6]

戰(zhàn)斗城市篇

暗游戲在美術(shù)館看見了一塊刻有自己、海馬、青眼白龍、黑魔導(dǎo)的古埃及石板，意識(shí)到了自己之所以不知道自己是誰(shuí)的原因，即為自己的記憶在三千年前也隨著自己的靈魂被封印了，他決定尋找自己遺失的最重要的記憶，而這個(gè)方法就是集齊由帕加索斯創(chuàng)作的「三幻神」卡。

另一邊，守墓一族的傳人馬利克為了向法老王復(fù)仇，組建了稀有卡狩獵集團(tuán)「古魯斯」。他的姐姐伊西絲·伊修達(dá)爾為了阻止自己的弟弟對(duì)法老王展開的復(fù)仇，將「三幻神」中的「歐貝利斯克的巨神兵」交給海馬，希望他能利用海馬集團(tuán)的力量引出馬利克并阻止他的yin謀。海馬為了從游戲處奪回「決斗王」的稱號(hào)，在童實(shí)野市舉辦「決斗都市」大賽。暗游戲與城之內(nèi)克也等人都參加了比賽。暗游戲擊敗了使用盜版「艾克佐迪亞」的獵人與同樣使用「黑魔術(shù)師」的魔術(shù)師潘多拉，其后在馬利克操控的默劇演員手中奪得了「奧西里斯的天空龍」，并且與海馬聯(lián)手擊敗了前來(lái)襲擊的數(shù)名「古魯斯」獵人。

但城之內(nèi)克也被馬利克控制，在碼頭中強(qiáng)迫暗游戲進(jìn)行決斗。表游戲不忍暗游戲與城之內(nèi)自相殘殺，愿意犧牲自己讓城之內(nèi)獲勝。最后城之內(nèi)恢復(fù)理智，成功將游戲解救出來(lái)。

「決斗都市」的8強(qiáng)比賽改為在海馬集團(tuán)的飛艇上進(jìn)行。暗游戲首先用「奧西里斯的天空龍」擊敗了暗貘良。在4強(qiáng)比賽中，游戲擊敗了海馬，海馬將「歐貝利斯克的巨神兵」與「惡魔的圣域」交給了游戲。決戰(zhàn)中與馬利克操控的「太陽(yáng)神的翼神龍」展開了激斗，游戲成功擊敗馬利克，將馬利克的黑暗人格埋葬，也終于將「三幻神」齊集。[7]

王之記憶篇

暗游戲得到自稱是夏迪派來(lái)的使者的男人波巴沙的指引，進(jìn)入了自己與「黑暗大神官」阿克納帝的記憶組成的「王之記憶」世界中，與暗貘良展開了「究極的rg」黑暗游戲。另一方面，想要幫助另一個(gè)自己的表游戲，與朋友們一起進(jìn)入了這個(gè)rg游戲的世界中。暗游戲作為法老王和盜賊王貘良展開激戰(zhàn)，在即將擊敗貘良之際，卻被大邪神的沙漏影響而落敗。

大邪神索克終于復(fù)活了，一眾神官和法老王奮力抵抗著索克的進(jìn)攻，但是全部都被打敗，連「三幻神」都無(wú)法抵抗索克的力量。

另一方面，表游戲與朋友們?cè)诹昴怪锌嗫鄬ふ抑鴦t尋找法老王的真名，卻遭遇埋伏已久的暗貘良襲擊，表游戲與貘良展開決斗。貘良將表游戲逼入絕境，但最后表游戲反敗為勝，徹底消滅了暗貘良的最后人格。其后得到真名的眾人一同前往戰(zhàn)場(chǎng)，并告訴了暗游戲他的真名——阿圖姆。阿圖姆將「三幻神」奉獻(xiàn)召喚出「光之創(chuàng)造神哈拉克提」，徹底消滅了大邪神索克，贏得了這場(chǎng)究極黑暗游戲的勝利。

潛藏在塞特心中的黑暗在最后一刻爆發(fā)出來(lái)，幾乎將阿圖姆完全消滅。但塞特在琪莎拉的幫助下最終戰(zhàn)勝了黑暗的心，阿圖姆將王位交托給塞特，拜托他成為一名好的法老王，王之記憶篇結(jié)束。