王陽明所使用的方法簡單明白，不像朱熹那樣的煩瑣累贅。但是在他的體系里，還存在一些關鍵的問題，例如良知的內涵是什么？良知與意念的關系，是從屬還是并行，是調和還是排斥？他應該直接的說良知是一種無法分析的靈感，有如人類為善的可能性屬于生命中的奧妙。但是王陽明不如此直截了當。他又含糊地說，良知無善無惡，意念則有善有惡。這些問題，為他的入室弟子王畿作出斷然的解答：一個人企圖致良知，就應當擯絕意念。理由是，人的肉體和思想，都處于一種流動的狀態之下，等于一種幻影，沒有絕對的真實性。所以，意念乃是枝節性的牽纏，良知則是永恒的、不借外力的存在。良知超越于各種性格，它的存在寓于無形，有如靈魂，既無年齡性別，也無籍貫個性，更不受生老病死的限制。按照王畿的解釋，良知已不再是工具而成了目的，這在實際上已經越出了儒家倫理的范圍，而跨進了釋家神學的領域。李贄在北京擔任禮部司務的時候，經常閱讀王陽明和王畿的書，之后他又兩度拜訪王畿，面聆教益。他對王畿備加推崇，自稱無歲不讀王畿之書，亦無歲不談王畿之學，后來又主持翻刻了王畿的《文抄錄》，并且為之作序。

按照王畿的學說，一個人就理應集中他的意志，放棄或簡化物質生活，避免環境的干擾，以達到無善無惡的至高境界。然則一切的真實性既然只存在于心中，則所謂放棄、簡化與避免，也無須見諸行動，而只是存在于精神之中。一個人不存在惡念，他就不會見惡聞惡，更徹底地說，就是世界上根本不存在惡。基于這種的立場和信念，李贄對耿定向的攻擊不屑一顧。耿定向說他狎妓，李贄就承認他確實在麻城“出入于花街柳市之間”。但是這種世俗所認為不對的行為在無善無惡的領域中，不足成為指責的根本。在李贄看來，他的行為不過是佛家的“游戲三昧”，道家的“和光同塵”。因之他以“無善無惡”作為標幟，硬是不肯認錯示弱，另一方面李贄則并不認為這種自由系每個人都能具有，而只是進入了無善無惡境界的優秀分子的特權。這種優越感，在他的著作中經常流露。

李贄又有他的另一面。當他說到“穿衣吃飯即是人倫物理”，他又站到了王艮這一邊。王艮是泰州學派的創始人，也是王陽明的信徒。很多歷史學家認為，王艮把王陽明的學說推廣而成為“群眾運動”，這可以算得是一種歷史的誤會。因為在明代社會里，并不存在以哲學領導群眾運動的可能；如果存在這種可能，與之相聯系的歷史因素勢必引起劇烈的變化，但事實上毫無這種跡象。然則王艮確實在比較廣泛的范圍里傳播了王學，他所說的“百姓日用即道”、“百姓日用條理處，即是圣人之條理處”，又正是王學的發揮。因為王陽明的知行合一說，其宗旨在于知圣人之道，行圣人之志。李贄雖然渴望自由，然而他不能超然物外，對這樣堂皇的旗號無動于衷。因此，以學術的流派而論，他始終被認為屬于泰州學派。

在第三位姓王的影響之下，李贄重視物質，也重視功利。他仍然不斷地提到“心”，但是這已經不是就地打滾、無美于中無丑于外的心，而是考慮到日常需要的心。因為自己有所需要，就推知別人也有同樣的需要，這就是孟子所謂“他人有心，予忖度之”。在這些場合中，他的思想已經脫離了形而上學的掛礙，而是以日用常識作為基礎。這種態度在他評論歷史時尤為明顯。

李贄的歷史觀大多符合于傳統的看法，比如他確認王莽為“篡弒盜賊”，指斥張角為“妖賊”。在他看來，歷史的治亂，既循環不斷，又與“文”“質”相關聯。一代人君如果專注于“文”而使之臻于極致，則已經開了禍亂之基；反之，息亂創業之君，則專注于“質”，只求使百姓免于饑寒而不去顧及是否粗糲。這種認為文化與生活水平和國家安全不能相容的看法，是中國傳統歷史的產物，也是官僚政治的特點。李贄自然無法理解，用中央集權的方式，以為數眾多的官僚治理億萬農民，就要求整齊劃一、按部就班，不能鼓勵特殊分子或特殊成分發展新的技術或創造新的法則。在他所處的時代，文官集團業已喪失了發展技術的可能，也沒出對付新的歷史問題的能力。社會物質文明（即李贄所謂“文”）往前發展，而國家的法律和組織機構不能隨之而改進，勢必發生動亂。受到時代的限制，李贄認為歷史循環之無法避免，乃是命運的安排，幾乎帶有神秘的力量，所以也不必再白費心力去尋找任何新的解決方案。這樣來看，李贄的唯心論并不徹底，因為他承認了客觀的真實性，治亂興亡并不決定于人的主觀，當然更不承認，所謂人心不在，治亂就不成其為治亂這樣的理論了。

君主一生事業的成敗既為歷史循環的后果，李贄對于歷代君主的評論，也只是著重在他們適應時代的識見和氣魄。對于“天下之重”的責任，李贄則認為應該由宰輔大臣來承擔。他所期望于大臣的，是他們的執政的功績而不是道德的言辭。一個奇才卓識的人，在為公眾的福利作出貢獻的過程中，決不能過于愛惜聲名，因而瞻前顧后，拘束了自己的行動。他可以忍辱負重，也可以不擇手段以取得事業上的成功。這種會小節而顧大局的做法被視為正當，其前提是以公眾的利益為歸依，而在倫理上的解釋則是公眾道德不同于私人道德，目的純正則不妨手段不純。李贄在這些方面的看法，和歐洲哲學家馬基雅弗利（machiavelli）極其相似。

李贄重視歷史上對財政經濟問題有創造性的執政者。他推崇戰國的李悝、漢代的桑弘羊、唐代的楊炎，但是對宋代的王安石卻缺乏好感。這當然并非因為王安石在道德上遭到非議，而是因為他的才力不逮他的宏愿，“不知富強之術而必欲富強”。與上述的論點相聯系，李贄更為大膽的結論是一個貪官可以為害至小，一個清官卻可以危害至大。他尊重海瑞，但是也指出海瑞過于拘泥于傳統的道德，只是“萬年青草”，“可以傲霜雪而不可以任棟梁者”。對于俞大猷和戚繼光，李贄極為傾倒，贊揚說：“此二老者，固嘉、隆間赫赫著聞，而為千百世之人物者也。”在同時代的人物中，他最崇拜張居正，稱之為“宰相之杰”，“膽如天大”。張居正死后遭到清算，李贄感到憤憤不平，寫信給周思敬責備他不能主持公道，仗義執言，但求保全聲名而有負于張居正對他的知遇。

李贄和耿定向的沖突，許多當代的哲學史家把原因歸之于他們經濟地位的不同。李贄屬于地主階級的下層，所以他對傳統有反抗的傾向；耿定向是大地主，所以偏于保守。

這種論點缺乏事實的根據。耿家在黃安確實是有聲望的家族，但是李贄的后半生，卻一直依附于這樣的家族而得以維持相當優裕的生活。他與耿定向決裂以后，隨即投奔麻城周家，依靠周思敬和周思久。這周家作為地主望族，較之耿家毫無遜色，何況兩家又是姻家世好。另外還有梅家，其社會地位也與耿、周二家相埒。當年麻城（黃安初屬麻城，1563年始分治）士人進學中舉，幾乎為這三家包辦。在麻城的時候，李贄還和梅國楨過從甚密，梅國楨后來為《焚書》寫作了序言。在晚年，李贄又和漕運總督劉東星有極深的交往。劉東星為沁水人，不僅自己身居高位，而且把女兒嫁給山西陽城的大族王家，成了戶部尚書王國光的煙親。在盛名之下，甚至連親藩沈王也對李贄感覺興趣，邀請他去作客。李贄托言嚴冬不便就道，辭謝未赴。他的最后一位居停為馬經綸。此人官居御史，家住通州，貲財富有。他特意為李贄修造了一所“假年別館”，并且撥出果園菜圃和另一塊土地，雇人耕種，以收入作為其客居的供應之資。在李贄的朋輩之中，惟有焦竑家道清貧，但卻無妨于這一家在上層社會中的地位。總之，李贄所交往的人都屬于社會的上層，而且是這個階層中的優秀分子。