然而在這易代的前夕，李贄又如何為自己打算呢？即使其時李贄還不是古稀的高齡，他也用不著考慮這個問題了。因為問題已經為禮科給事中張問達所解決。張問達遞上了一本奏疏，參劾李贄邪說惑眾，罪大惡極。其羅織的罪狀，有的屬于事實，有的出于風傳，有的有李贄的著作可以作證，有的則純出于想當然。其中最為聳人聽聞的一段話是：“尤可恨者，寄居麻城，肆行不簡，與無良輩游庵院。挾妓女白晝同浴，勾引士人妻女入庵講法，至有攜衾枕而宿庵觀者，一境如狂。又作《觀音問》一書，所謂觀音者，皆士人妻女也。”接著，給事中提醒萬歷皇帝，這種使人放蕩的邪說必將帶來嚴重的后果：“后生小子喜其猖狂放肆，相率煽惑，至于明劫人財，強摟人婦，同于禽獸而不足恤。”此外，由于李贄妄言欺世，以致佛教流傳，儒學被排擠，其情已形極為可怕：“邇來縉紳大夫，亦有唪咒念佛，奉僧膜拜，手持數珠，以為律戒，室懸妙像，以為皈依，不知遵孔子家法而溺意于禪教沙門者，往往出矣。”而最為現實的危險，還是在于李贄已經“移至通州。通州距都下僅四十里，倘一入都門，招致蠱惑，又為麻城之續”。

皇帝看罷奏疏之后批示：李贄應由錦衣衛捉拿治罪，他的著作應一律銷毀。

在多數文官看來，李贄自然是罪有應得，然而又不免暗中別扭。本朝以儒學治天下，排斥異端固然是應有的宗旨，但這一宗旨并沒有經常地付諸實施。李贄被捕之日，天主教傳教士、意大利人利瑪竇（此人和李贄也有交往）早已在朝廷中活動，以后他還要繼續傳教，使一些大學士尚書乃至皇帝的妃嬪成為上帝的信徒。而萬歷皇帝和母親慈圣太后則對佛教感覺興趣。雖說在1587年曾經因為禮部的奏請，皇帝下令禁止士人在科舉考試的試卷中引用佛經，但是在1599年，即李贄被捕前3年，他卻告訴文淵閣的各位大學士，他正在精研“道藏”和“佛藏”。這還有行動可以作為證明：皇帝經常對京城內外的佛寺捐款施舍，又屢次派出宦官到各處名山巨剎進香求福，而好幾次大赦的詔書中，更充滿了佛家慈悲為本的語氣。所以，要把提倡異端的罪魁禍首加之于李贄，畢竟不能算做理直氣壯。

但是另一方面，李贄之所以罪有應得，則在于張問達的奏疏具有煽動的力量，而他使用的“羅織”方法，也把一些單獨看來不成其為罪狀的過失貫穿一氣，使人覺得頭頭是道。何況把可能的后果作為現實的罪行，也是本朝司法中由來已久的習慣。而全部問題，說到底，還在于它牽涉到了道德的根本。

從各種有關的文字記載來看，李贄在監獄里沒有受到折磨，照樣能讀書寫字。審訊完畢以后，鎮撫司建議不必判處重刑，只需要押解回籍了事。根據成例，這種處罰實際上就是假釋，犯人應當終身受到地方官的監視。但不知何故，這項建議送達御前，皇帝卻久久不作批示。

一天，李贄要侍者為他剃頭。乘侍者離開的間隙，他用剃刀自刎，但是一時并沒有斷氣。侍者看到他鮮血淋漓，還和李贄作了一次簡單的對話。當時李贄已不能出聲，他用手指在侍者掌心中寫字作了回答：

問：“和尚痛否？”

答：“不痛。”

問：“和尚何自割？”

答：“七十老翁何所求！”

據說，袁中道的記載，在自刎兩天以后，李贄才脫離苦海。然而東廠錦衣衛寫給皇帝的報告，則稱李贄“不食而死”。

從個人的角度來講，李贄的不幸，在于他活的時間太長。如果他在1587年即萬歷十五年，也就是在他剃度為僧的前一年離開人世，四百年以后，很少再會有人知道還有一個姚安知府名叫李贄，一名李載贄，字宏父，號卓吾，別號百泉居士，又被人尊稱為李溫陵者其事其人。在歷史上默默無聞，在自身則可以省卻了多少苦惱。李贄生命中的最后兩天，是在和創傷血污的掙扎中度過的。這也許可以看成是他15年余生的一個縮影。他掙扎，奮斗，卻并沒有得到實際的成果。雖然他的《焚書》和《藏書》一印再印，然而作者意在把這些書作為經筵的講章，取士的標準，則無疑是一個永遠的幻夢。

我們再三考慮，則又覺得當日李贄的不幸，又未必不是今天研究者的幸運。他給我們留下了一份詳盡的記錄，使我們有機會充分地了解當時思想界的苦悶。沒有這些著作，我們無法揣測這苦悶的深度。此外，孔孟思想的影響，朱熹和王陽明的是非長短，由于李贄的剖析爭辯而更加明顯；即使是萬歷皇帝、張居正、申時行、海瑞和戚繼光，他們的生活和理想，也因為有李贄的著作，使我們得到從另一個角度觀察的機會。

當一個人口眾多的國家，各人行動全憑儒家簡單粗淺而又無法固定的原則所限制，而法律又缺乏創造性，則其社會發展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能補助技術之不及。1587年，是為萬歷十五年，丁亥次歲，表面上似乎是四海升平，無事可記，實際上我們的大明帝國卻已經走到了它發展的盡頭。在這個時候，皇帝的勵精圖治或者宴安耽樂，首輔的獨裁或者調和，高級將領的富于創造或者習于茍安，文官的廉潔奉公或者貪污舞弊，思想家的極端進步或者絕對保守，最后的結果，都是無分善惡，統統不能在事業上取得有意義的發展，有的身敗，有的名裂，還有的人則身敗而兼名裂。

因此我們的故事只好在這里作悲劇性的結束。萬歷丁亥年的年鑒，是為歷史上一部失敗的總記錄。