待眾將返回晉陽后，劉琦拉著田豐荀彧沮授為趙云、典韋主持了婚事。完了又幫著張遼、太史慈、高順、徐晃等人張羅媳婦兒。張遼本就是雁門人氏，家中已定親，只待擇日回去完婚便可。哪知想睡覺就有人送上枕頭，無極甄堯親自帶來消息欲將三妹甄道、四妹甄榮許配給劉琦手下將領為妻。劉琦將甄道許于高順，甄榮許給了太史慈，徐晃卻推說自己還小，過幾年再說。太史慈倒是高高興興接受了，至于高順，反正老是一本正經、不茍言笑，劉琦也不管他了，以軍令壓之，不得不從。次月，郭嘉與趙雨完婚，從此告別放浪不羈的浪子生涯。

初平二年，董卓回到長安后，威福更盛，盜用天子車服，并命尚書以下眾官有子皆至其相府稟報。又以其弟董文為左將軍，從子董璜為侍中、中軍校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中嬰兒皆得封，男皆封侯，女為邑君。于長安筑郿塢，高、厚各七丈，其中積糧可用三十年。董卓又殘暴好殺，諸將稍有言語差失，立即處死，又以叛逆之名，大殺關中舊族。其倒行逆施引起朝臣強烈不滿。司徒王允、司隸校尉黃碗、尚書楊瓚等密謀殺掉董卓，董卓自知為人所怨，出入常以驍勇過人的中郎將呂布作護衛。王允用連環計挑撥呂布與董卓關系，等時機來到，遂勸諭呂布殺董卓，為天下除害。初平三年四月，獻帝大病初愈，眾臣朝會于未央殿。董卓乘車而入，以兵護衛道旁，并使呂布隨車衛護。王允命尚書仆射士孫瑞寫誅卓詔書交付呂布。呂布令同鄉騎都尉李肅帶勇士十余人扮作衛士埋伏于朝門內，董卓入，李肅一戟將其刺倒，呂布隨即將董卓刺死。董卓一死，長安兵民百姓相慶于道，衛士皆呼萬歲，盡誅董氏宗族。于是，朝廷以王允錄尚書事，以呂布為奮威將軍、假節，儀比三司。共秉朝政。

同月，青州黃巾軍百余萬人向兗州進擊，攻下任城，殺任城相鄭遂。兗州刺史劉岱以黃巾軍乃烏合之眾，盲目自大，親自率兵鎮壓。誰知在東平附近，兩軍相遇游戰，劉岱兵敗被斬。黃巾軍向壽張一帶移動，青州黃巾在兗州的順利發展，使兗州的官吏士人極為恐慌，加上刺史劉岱被殺，州中無人主事，兗州上下一片慌亂。

這時東郡太守曹操的部下荀攸勸說兗州治中、別駕等迎曹操入主兗州，與曹操素相友善的濟北相鮑信也曹操。于是兗州治中萬潛與鮑信親至東郡迎接曹操出任兗州牧。曹操進入兗州后，立即與鮑信聯軍堵擊青州黃巾于壽東郊，兩軍展開激戰，黃巾軍久經戰陣，兵皆精悍，陣斬鮑信，曹操身先士卒，激勵將士，經過晝夜激戰，終于將青州黃巾趕出奉張。同時，朝廷聞知劉岱戰死，以京兆尹金尚為兗州刺史。曹操于途中迎擊金尚，金尚逃奔袁術。于是曹操占兗州。

董卓對蔡邕有知遇之恩，蔡邕在王主持的會議上對董卓之死表示悲痛，被王允指責為“天誅有罪而反相傷痛”，是國賊董卓的死黨，即收捕下獄。蔡邕陳辭謝罪，請求免列，愿黥首刖足，在獄中繼續漢史的編修工作。太尉馬日磾和許多士大夫為蔡邕求情，指出蔡邕是曠世奇才，素以忠孝著稱，不能隨便處死，應讓他續修漢史，完成一代大典。王允認為當初武帝不殺司馬遷，至使司馬遷能作《史記》流傳后世，其中多有對皇帝不敬之詞，現在決不能讓蔡邕執筆修史，使他能再作謗書，堅持要殺他。呂布受劉琦所托保全蔡邕，隨即站出來說蔡劉聯姻，而劉琦平定并州有功，如今又是兵多將廣，而王家又在劉琦治下的太原，不如賣劉琦一個面子，削去蔡邕官爵便好。王允三思后應允，隨既將蔡邕削去官爵貶為庶民。當夜史阿領人護送蔡邕逃出長安，北上上郡，逃往并州。

作為誅殺國賊的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉賞和廣大人民的稱贊。于是，王允態度開始發生改變，似乎有些飄飄然起來“連董卓這樣不可一世的大奸賊都死于我的手下，我還有什么可懼怕的呢？”他便對任何人、任何事情都無所謂，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在際會，每乏溫潤之色，杖正持重，不循權宜之計，是以群下不甚附之。”每當群臣集會，王允很少像以前那樣和大家推心置腹，共同商討權宜之計，而是正襟危坐，面無和悅之色。慢慢地，群臣也不再像以前那樣推崇和擁護他了。

董卓死后，王允在如何安排和處理他的舊部時，反復無常，態度極不慎重。他先是想全部赦免董卓的部下，呂布也多次相勸，可繼而王允又對群臣解釋說“本來，他們是沒有罪的，只是身不由己，跟隨董卓，所以不得已聽從董卓差遣，犯了錯誤。現在如果給他們突然加上惡逆的罪名，而且特定赦免他們，恐怕反而使他們猜疑恐懼，心理承受不了，所以，赦免他們無罪不是使他們安心的上上之策，還不如讓他們承受懲罰。”王允平日卻看不起呂布，以劍客對待他。呂布也認為自己有功勞，自吹自擂，既不得意，漸漸與王允不和了。

涼州兵是董卓的嫡系部隊，戰斗力強，而且對董卓最忠心。董卓死后，如何處置涼州兵，是關系王允本人和東漢政權的大事。王允企圖削奪涼州兵將領的兵權，取締全部涼州兵，并且計劃利用關東兵去控制他們。可是后來有人對王允說“涼州兵素來害怕袁紹，畏懼關東兵，而今，如果派關東兵去解散他們，涼州兵人人都會擔心性命不保，這樣，很容易引起兵變和混亂。還不如任命皇甫嵩為將軍，去擔任涼州兵的統帥，并讓他長期留在那兒，以便安撫軍心。”王允堅決反對。

涼州百姓聽到王允想解散涼州兵的風聲后，便到處傳言，說王允要殺掉所有涼州人，一時之間，整個涼州人心惶惶，一片驚慌。涼州兵將領本來就成了驚弓之鳥，對自己的前途深感憂慮，當他們得知王允要削奪他們的軍權，解散涼州兵的消息后，更是驚慌。絕望的涼州兵尋思反正是一死，不如死個痛快。于是他們迅速召集軍隊，嚴陣以待，準備見機起事，并且互相傳告蔡邕只不過受了董卓的一點厚遇而已，王允便不分青紅皂白地把他殺了。對于我們，不僅沒有絲毫赦免的意思，反而想剝奪我們的兵權，置我們于死地。我們除了聯合起來，別無選擇。

當時，涼州軍中最有影響和實力的將領是李傕和郭汜。二人聽從李儒建議，聚集了張濟、樊稠等董卓舊部，他們將所有涼州兵集合起來，誓師進發都城長安。東漢官兵不堪一擊，不久，李傕、郭汜的部隊便攻陷長安。呂布慌忙領兵引兵迎戰，結果因兵力懸殊過大，大敗而歸，只引數十騎護著家眷逃離長安。

王允被西涼賊兵逼迫，為保天子，縱身跳樓而死。李催郭汜把持朝政。

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