對于木葉來說，今天註定是一個讓人難忘的日子。因為無限月渡計劃執行到了最后階段，只剩下九尾沒有捕捉，所以斑特別派出曉的首領--佩恩六道去木葉捕捉九尾。

這無疑給木葉帶來了極大的災難，卡卡西以及許許多多的忍者相繼戰死，且村子也被佩恩天道的神羅天征毀滅殆盡，佩恩六道那強大的輪回眼幾乎成為了所有人的惡夢。就在佩恩天道要殺死五代火影綱手的時候，前去妙木山修習仙術的鳴人終于趕到。

鳴人站在□□老大的身上，看到周圍的情景時，他幾乎不敢相信這就是他所熟悉的木葉。巨坑幾乎覆蓋住了整個村子的范圍，到處都是倒塌的房屋，哭泣聲，慘叫聲交織在一起，形成一副慘烈的畫面。鳴人看著面前的佩恩六道，怒氣止不住的上涌：“佩恩！”佩恩天道望著憤怒的鳴人，慢慢的開口道：“準確來說是佩恩六道，看來你就是自來也老師的徒弟漩渦鳴人，算的上是我的師弟。”鳴人聽他提起自己死去的老師的名字，心中的怒意更加的深刻，他直接開啟自己的仙人模式，與佩恩六道對戰起來，雙方你來我往，戰斗異常激烈。

然而鳴人在開始與佩恩六道平分秋色，到后來漸漸的落入了下風。就在佩恩餓鬼道再一次吸收了他的螺旋丸后，鳴人開始使用了自己自創的忍術--大玉螺旋丸。這是一個極具殺傷力的招數，再給敵人造成極大傷害的同是也會是自己的受到嚴重的損傷，甚至于以后再也無法解印，然而處于仙人模式下，這個傷害幾乎可以忽略不計，仙人模式下的鳴人擁有可以媲美尾獸的強大身體，因此使用這個招數時，鳴人可以承受的住傷害。于是大玉螺旋丸便成了佩恩的巨大威脅，佩恩六道在察覺到了危險，在大玉螺旋丸襲來時，各自快速的閃避，可是佩恩阿修羅道還是死在了這個術下。

長門對于鳴人的強大感到驚訝，他不明白為什么一個九尾人力柱可以得到全村人的維護，在面對死亡時，仍是不肯透露半點有關鳴人的消息，難道這就是自來也老師所說的團結。太可笑了，自從彌彥死后，他就已經認識到和平根本不可能存在，就是因為以前他太天真，以為自己可以創造真正和平的忍者世界，所以才會害死自己最重要的人！這樣慘痛的教訓讓他明白過來，人只有經歷過真正的痛苦才會珍惜和平的時光，才會消除仇恨，真正的團結，所以他才會選擇幫助斑實施無限月讀的計劃，九尾他必須得到。

其余的佩恩道開始加強自己的進攻，鳴人辛苦的應戰，盡管他用盡一切努力打敗其他的佩恩，可是最終還是失敗了，他被佩恩天道制住，雙手被釘在地上。佩恩天道慢慢的釘住鳴人身體：“你還是失敗了，鳴人。”鳴人忍著疼痛的抬起自己的頭，眼神倔強的望著恩天道，“我所做的這一切，都是為了完成老師未完成的遺志，孕育出忍著世界真正的和平。”鳴人反駁道：“把我的同伴，把我的村子弄成這樣，別給我大言不慚的亂吼了！”佩恩天道繼續說道：“這個世界已經被仇恨支配，只有讓世界感覺到真正的痛楚，人們才會消除彼此的仇恨，迎來和平，所以才需要尾獸的力量來控制這個世界。無論你怎么想這就是我所承擔的使命，是時候帶走你了。”佩恩天道將手對準鳴人，剛要準備發動攻擊時，一把劍突兀的向他襲來。同時一道身影出現在鳴人的面前，鳴人驚訝的了出來:“佐助！”佐助轉頭看著傷痕累累的鳴人，皺了皺眉頭。他迅速結出□□去解救鳴人，而本體則與佩恩天道對戰起來。佐助對著佩恩天道使用千鳥，可是被彈開。鳴人扶著佐助，艱難的站起身來，他對于佐助能夠突然回歸木葉來救他，感到非常的開心，但他知道現在不是開心的時候，在看到佐助的攻擊無效時，他急忙告訴佐助佩恩天道的能力。佐助擦了擦自己嘴角的血跡，心知只能使用寫輪眼對付佩恩。他閉上眼睛，將查克拉匯聚在眼上，等到睜開時，一對六星芒的萬花筒寫輪眼出現在他的眼中。

于是原本占上風的佩恩天道，開始被佐助的寫輪眼壓制住，再又一次陷入佐助的月讀后，佩恩天道決定使出自己的絕招--地爆天星。于是佐助被周圍浮起的石塊迅速包圍起來，漸漸的一個巨大的球體出現在木葉的上空，鳴人望著那巨大的球體，心中充滿著難以想象的痛苦，他凄厲的對著那方向大叫起來：“佐助！！！”頓時一股恨意在他的心中蔓延開來，此時鳴人體內深處一雙殷紅的獸眼突兀的睜開。鮮紅的查克拉開始不斷地涌現在鳴人的周圍，漸漸地鳴人被這股強大的查克拉覆蓋，形成一個黑色巨獸。鳴人沖向佩恩天道，查克拉幻化的巨手狠狠地朝著他打去。佩恩疲憊的應付著狂化的鳴人，他已經透支太多的查克拉，再這樣下去他可能會死去。躲在遠處的長門吩咐身邊的小南叫她趕緊去支援佩恩天道。小南擔憂的看著長門，留下□□，朝著鳴人奔去。

等到小南趕到時，佩恩天道正好被鳴人抓住，小南趕緊使用忍術攻擊鳴人，試圖救下佩恩天道。狂化的鳴人感覺到有人攻擊自己，他甩開佩恩天道，轉身對付起小南。小南與擁有八尾力量的鳴人開始激烈的戰斗，小南使用自己的絕招企圖圍困住鳴人，可是卻沒有任何用處，鳴人反而狠狠地打中了小南，頓時小南被擊飛。佩恩天道急忙用站到小南面前，阻擋著鳴人的攻擊。小南扶著自己折斷的手臂站了起來。佩恩自知這樣下去不是辦法，他對著身后的小南說，幫我抵擋一下，我再使用一次地爆天星。“可是這樣你的身體會承受不住的。”小南企圖阻止佩恩天道。但他的心意已決，無奈小南只好幫他爭取時間。佩恩天道迅速結印--地爆天星！于是大量的石頭又開始匯聚起來，狂化的鳴人用力掙脫，卻沒有任何用處。就在他快有進化出九尾時，一個聲音出現在他的耳邊：“吊車尾的，你是打算死嗎？”失去理智的鳴人并沒有想起這人的聲音，他迷迷糊糊的出現在一個紅色的大門前，想要撕開大門上的封印，一個黑發少年出現在他的面前，他抓住鳴人的手，眼神凌厲的看著鳴人：“你知道你自己在做什么嗎，吊車尾的，快給我醒來啊。”鳴人沒有理會那人的阻止，他推開那人，手摸上門上的封印，此時，另一個人影再次出現在鳴人的面前，他擁有著與鳴人相同的發色和眼睛，只見那人微笑著對著黑發少年說:“謝謝你阻止鳴人，你的查克拉快支撐不住了，你快離開吧，放心這裏就交給我。”說完少年看了鳴人一眼，身影便消失在原處。

鳴人看著眼前的人覺得有些莫名的熟悉，那人微笑著對著鳴人說：“你長大了，鳴人。”說著兩人瞬間轉移到另一個空間。此時鳴人才真正的而清醒過來，而在那人的娓娓道來之下，他才知曉，這人原來是自己的親身父親--四代火影波風水門！鳴人朝著自己的父親狠狠打了一拳，有些委屈的流下了眼淚。水門滿含歉意的看著鳴人，說起了當年九尾襲村的往事以及關于自來也徒弟會是救世主的真相。等到了最后水門微笑的望著鳴人：“我相信你，鳴人。”鳴人也回笑到：“不會讓你失望，爸爸。”

于是暴走的鳴人恢覆過來自己的意識，開始狠狠地反擊，鳴人最后制服了佩恩六道，但小南卻逃脫了。佐助扶著自己受傷的身體，看著眼前的鳴人：“九尾沒有跑出來吧？”鳴人先是盯著佐助看了一會兒，而后才撲上去緊緊地抱住佐助：“剛才我還以為你真的出事了，你沒事真好。”佐助輕聲罵了一句：“笨蛋。”回抱住鳴人，“我不會這么容易就死的，別擔心了。”一時間，陽光灑在兩人的身上，溫馨無限。

然而事情并沒有結束，鳴人已經知道佩恩真正的本體在哪裏了，他想親自去那個地方，佐助并沒有阻止他，而是把默默地跟在他的身后。他們來到了一個有紙盾偽裝出來的地方，鳴人撕開偽裝，走了進去，佐助緊隨其后。進去后鳴人看到一個身形恐怖的人正待在那裏，而逃脫了的小南此時也出現在那人的旁邊。面對真正的兇手，鳴人心裏還是充滿著許多的憤怒，他壓下自己的憤怒開始質問起對方。長門告訴鳴人，自己的經歷以及為什么會發生改變的原因，鳴人雖然覺得長門經歷讓人同情，但對于他的做法并不認同。鳴人告訴長門自己的想法及自來也老師所真正傳達的愿望，長門面對鳴人那堅定的目光，漸漸的開始想起自己的最初的夢想，才真正的醒悟過來。

最后他微笑的對著鳴人說：“請帶著我和自來也老師的夢想繼續努力下去。我相信你一定會實現忍者界真正的和平。”然后拼著自己最后一絲的生命覆活了他所殺害的木葉村的人。

于是一場關于木葉的危機就這樣解除了，而佐助也回歸到了木葉。