一萬多的士兵被分為五個營，每營兩千余人，其中單留一個營組編為海軍陸戰營。
陸戰營由覃博桐從徐州帶來的老兵為主，原輜重營指揮僉事且是皇家軍事學堂先期軍官生畢業的兩廣人梁兆陽被任命為陸戰營指揮使。
其余四個營則由大明船政局修葺后的四支以一號福船為核心的艦船編隊為基礎組編。
第一營則由陳子龍擔任指揮使，且是四個營的主力營，裝備最為先進，其一號福船裝備了“大明蒸汽動力之父”茅元儀”最新研制的腳踏式機械人力螺旋槳，航行速度比原來的福船快得多，甚至其他船只如鷹船、網唆船、連環船等的類型也比另外四個營的編成復雜些，甚至還配備了熱氣機，可以監測水文和氣候環境，做到料敵于先。
但耗費也不少，整整第一營的裝備加上最新火炮和各類火器和水雷，耗費上千萬銀元，也因此，現在大明只能裝備一個營。
其他三個營也至少在動力上和火力配備上比第一營差點，但所配備的艦隊在當時已經算是較為先進的了，至少質量是保障的。
對于水上訓練，出自魏國公徐弘基門下的覃博桐曾經在操江水軍做過數年的指揮使，后來因為想巴結文官體系并想升到總兵的他才去了京營，而如今繼續回來操練水軍倒也是駕輕就熟，再參照皇家軍事學堂和禁衛軍以前的訓練方式在幾天之內就整理出了一套海軍水上訓練方案。
朱由校看了后很滿意，也很欣慰，他雖然對于水上訓練一抹黑，但也能看得出這個覃博桐是不是這塊料。
在操江水軍的原有基礎上撥款重建后的軍營校場也已建設完畢，同京城里的禁衛軍訓練場一樣，這里也被建設成了一個集生活、訓練與學習配套設施于一體的封閉場所。
但現在的禁衛海軍并沒有立即展開基本的隊列和體能訓練，相反他們現在全都被安排在課堂大廳里學習，沒錯，就是學習。
水上作戰比陸地作戰更考驗智慧與知識，除了基本的軍事素養外，至少還要有對各類氣候和水文知識有個系統的了解，甚至還得知道一點生理學常識，比如什么是敗血癥。
新編禁衛海軍中的許多官兵盡管很多也知道如何調整航速和航向，甚至其中不乏能涉足深海的高手，但更多的只是多年來在水上環境積累的經驗，而沒有一個系統的了解。
如今，皇家軍事學堂的軍官們首先要做的就是讓他們的士兵學會認字，學會如何去分析氣象。
而朱由校也會時常親自過來給這些海軍士兵們講解海洋各國情況，也算是豐富他們的見聞。
除此之外，大明日報的主筆張岱因為曾為大明日報做過一次當年倭寇之亂和沿海盜寇情況的調查而被朱由校也安排到每三日一次去禁衛海軍營中講解當年的倭亂實情和現今海盜猖獗后對大明百姓造成的弊害。
“當今天子多百家之地而分于萬家，非天子之暴政，而是猛藥治重癥之良方！”
除了張岱之外，陳子龍作為朱由校的忠實信仰者，在為禁衛海軍士兵普及知識時也將當今發生的時事政治分析給他們。
比如對于近日皇莊將抄家所得之地分給百姓的事，陳子龍就對此做出了獨特的分析，并以此達到對當今天子朱由校的肯定和支持，而他嚴密的邏輯和極富煽情力的說辭也使得思想領域一片空白的禁衛海軍士兵不得不信服于他的理念。
南京紫禁城的一處遍布藤蘿的椒房之中，大明日報的副主筆魏敏兒正用鳳陽官話念著一個個鋪列在黑板上的上千漢字。
魏敏兒每念一個漢字，朱由校就得為這些漢字注音。
本來朱由校以為這只是一項簡單的任務，誰知在這個還沒有普通話的時代，由于方言的差異，使得普遍適用于普通話的注音音節有時候并不能準確的對鳳陽官方中的一些字詞進行注音。
正因為此，朱由校才不得不讓魏敏兒也住進了紫禁城，且自己隔三差五的就會過來幫助其注音，但時間一久，也覺得枯燥無比，而魏敏兒對此倒是樂此不彼。
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